太行鸡agouti基因及其与若干生产性能的关联性分析

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1、分类号：S墨13：3密级：公珏太行鸡Agouti基因及苴与，、J单位代码：!QQ曼亟学号：2Q!Q垒三窆若干生产性能的关联性分析TaihangchickenAgoutisomeproductiongeneanditscorrelationwithoerformanceanalys

2、s—l■学位申请人：杨树玲指导教师：李祥龙教授学科专业：动物遗传育种与繁殖学位类别：农学硕士授子单位：河北农业大学答辩日期：二O一三年五月三十一日独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过

3、的研究成果，也不包含为获得亟i垦盔些盘鲎或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名：菇b蹦硷签字R期：文，侈年莎月3日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解．塑皇垦壅些盘堂有关保留、使用学位论文的规定，有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权煎皇垦壅些盘堂可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。(保密的学位论文在解密后适用本授权书)学位论文作者签名墙捌殓签字日期：2。g年∥月多

4、FI学位论文作者毕业后去向：工作单位：通讯地址：撇名：撕签字日期：多01乙年∥月岁日电话：邮编：本研究得到河北省科技计划项目“河北柴鸡自别雌雄配套系选育与优质肉鸡杂交应用研究"(编号1220105D)资助摘要Agouti基因在畜禽的毛色合成过程中扮演着重要的角色。本文首先采用生物信息学分析方法，对来自15个物种的71条AgoutZ基因完整编码序歹U(CDS)进行遗传多样性分析、鸡Agouti基因启动子预测；然后，采用PCR扩增产物直接测序的方法，分别对Agouti基因3’UTR(太行鸡麻羽、黑羽、白羽，罗曼鸡，海兰褐鸡)和外显子4(太行鸡、灵山鸡×太行鸡)单核苷酸多态性(SingleN

5、ucleotidePolymorphism，SNP)筛查和遗传多样性分析，并采用SNPs基因型频率和单倍型等位基因频率相结合的方法，分析Agouti基因SNPs与鸡羽色、体尺指标、屠宰性能的相关关系。其目的就在于探讨Agouti基因的种间变异特征，预测鸡Agouti基因启动子；另一方面筛查鸡Agouti基因变异，研究其在不同羽色鸡群体中的多态性以及与生产性能的相关性，从而为鸡AgoutJ基因遗传多样性，太行鸡新品种的选育提供参考依据。生物信息分析结果显示：物种间Agouti基因平均净遗传距离(Da)和核苷酸歧化度(Dxy)分别为0．2256和0．2145。Agouti基因在拉布拉多自足

6、(Peromyscusmaniculatus)和羊驼(Lamapacos)中具有最大的遗传多样性。通过比较平均净遗传距离(Da)和核苷酸歧化度(Dxy)可知，哺乳动物与斑马鱼的亲缘关系比鸟类与斑马鱼的更近。鸡Agouti基因启动子预测的区域位于起始密码子上游2600bp．3000bp之间。鸡Agouti基因3’UTR共发现9个变异位点(g．1554591C>A、g．1554621C>A、g．1554693T>C、g．1554694G>A、g．1554788C>T、g．1554798A>G、g．1554806C>A、g．1554712T>C和g．1554767C>G)，其中两个太行鸡个体

7、中新发现的位点(g．1554712T>C和g．1554767C>G)为稀有突变。太行鸡麻羽和白羽个体的多态位点均处于哈代一温伯格平衡状态，但是黑羽个体除了位点g．1554806C>A外g为不平衡状态。分析9个变异位点共得到6种单倍型，其中单倍型HAPl(AACATGATC)和HAP2(CCTGCAATC)为两种主要的单倍型，其他单倍型均是以上两种单倍型分化而成。分析显示，有6个变异位点(g．1554591C>A、g．1554621C>A、g．1554693T>C、g．1554694G>A、g．1554788C>T和g．1554798A>G)处于完全连锁状态，命名为“位点2”。变异位点基

8、因型频率比较发现，不同羽色太行鸡间无显著差异(p>O．05)；在位点2上，太行鸡、罗曼鸡和海蓝褐鸡之间存在显著性差异(P<0．01)；在位点l(g．1554806C>A)上，太行鸡黑羽和麻羽个体与罗曼鸡、海蓝褐鸡之间存在显著性差异(p