鸡fads2基因3’utr区多态性检测及其与经济性状关联性分析

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1、河南农业大学硕士学位论文鸡FADS2基因3’UTR区多态性检测及其与经济性状关联性分析姓名：洪雪莹申请学位级别：硕士专业：动物遗传育种与繁殖指导教师：陈其新；康相涛201205摘要△6一脂肪酸脱氢酶基因(FADS2)是生成(I)．3系和∞．6系多不饱和脂肪酸的限速酶，属于脂肪酸脱氢酶基因(FADS)家族成员。多不饱和脂肪酸决定细胞膜的流动性，能够促进动物生长发育，提高动物的产仔率和成活率，提高肉质风味，调节脂类代谢等。对丁．禽类，多不饱和脂肪酸含量是影响鸡肉风味的重要物质，通过克隆鸡的FADS2基冈，我们发现禽类FADS2基冈包含13个外显子，

2、而人类为12个外显子，与哺乳动物的最人区别就是在其3’UTR区，在第12与13外显子中问插入一个内含子，而3’UTR区与mRNA的稳定性,11mRNA的降解速率有很大的联系。有关鸡FADS2基冈3’UTR区遗传变异的研究目前尚未见报道。l灭I此，本研究在前期r作的基础上，首次对鸡FADS2基冈3’UTR

3、叉：的遗传变异进行了分析。首先选取俐始鸡安}鸡F2代资源群72只鸡的血样，构建混合DNA池，通过测序的方法，对鸡的FADS2基冈3’UTRIX变异位点进行筛选；同时通过生物信息学分析，发现FADS2基冈3’UTRIX．存在一个微甲星变异。在此基

4、础上，应用PCR．RFLP和PCR—SSCP技术，对849只鸡FADS2基冈3’UTR区的5个SNP位点A240G、G322C、G840A、T1167C币¨T192C以及微甲星位点进行群体遗传!学分析，并川SPSSl6．0分析这6个变异何点对鸡经济性状的影响。主要研究结果如卜^：(1)麻JL}j川始鸡安}鸡F2代资源群构建DNA池，通过测序，发现3’UTR

5、又：存在25个多态位点。通过在GeneBank上搜索最新的鸡的3’UTR序列，通过软仆DNAMAN对所奄向的片段进行比对分析，发现在所克隆的鸡的3’UTR之斤存在一个微甲星重复。(2)以鸡的

6、3’UTR测序结果为基础，应州PCR．RFLP技术首次检测5个SNP位点A240G、G322C、G840A、TI167C和T192C，测序结果表明5个SNP侮点分别为A／G突变、G／C突变、G／A突变、T／C突变利T／C突变。5个位点都有2个等位基冈，3种基冈型。遗传变异分析发现，A240G何点G是优势等位基冈(0．68)，优势基冈型为AG型(0．56)，多态信息含量(PIC)、杂合度(He)、有效等位基冈数(Ne)分别为0．34、0．44、1．77，属中度多态。G322C位点C是优势等位基冈(0．68)，优势基冈型为GC型(0．56)，PIC

7、、He、Ne分别为0．34、0．43、1．76，属中度多态。T840A位点A为优势等何基冈(0．68)，优势基冈牙!为AA型(0．46)，PIC、He、Ne分别为0．34、0．44、1．77，属巾度多态。T1167C位点C为优势等何基冈(0．58)，优势基冈型为TC型(0．63)，PIC、He、Ne分别为O．37、0．49、1．95，属中度多态。T192C何点C为优势等位基冈(0．66)，优势基冈型为TC型(0．51)，PIC、He、Ne分别为0．35、0．49、1．81，属中度多态。(3)应用PCR．SSCP技术首次检测通过分析所得的微甲星，

8、测序结果表明此微卫星有2个等位基冈，2种基冈型。遗传变异分析发现，微甲星变异位点A为(0．96)，优势基冈型为AA型(0．91)，PIC、He、Ne分别为0．08、0．08、1．09，属低度多态。(4)把检测到的5个SNP位点以及微卫星与经济性状相关的数据进行关联分析。结果表明，G322C与经济性状表现差异不显著，A240G位点突变与肝脏重、Y．谷氨酰转肽酶、碱性磷酸酶、乳酸脱氢酶、C14：0、C17：0和C22：3显著相关，T840A位点突变与肝脏重和腿肌剪切力显著相关，T1167位点突变与屠体重、心脏重、肝脏重和胸肌剪切力显著相关，T192

9、C位点突变与心脏重、脾脏重、腿肌剪切力、胸肌剪切力、低密度脂蛋白和IC20：1显著相关。微卫星位点与屠体性状中的心脏重和胸肌重显著相关，呈现出AA型>AB型的规律，表明AA五!个体为优势基冈型，此位点对鸡的肉质性状、血清生化指标及肌肉脂肪酸含量没有显著的效应。基丁^以上结果，可得出如F结论：(1)对鸡的3’UTR进行测序和生物信息学分析，发现了25个SNP位点和一个微甲昂位点，说明鸡FADS2基冈3’UTR区域遗传变异丰富，可能对基冈表达以及转录斤调控乃至表型产生较人的影响。(2)5个SNP位点中的A240G、T840A、T1167和T192C

10、4个位点与鸡的若干经济性状显著相关，它们可以通过改变mRNA的稳定性利降解速率从而影响转录前利转录后调控，进而影响基

11、灭

12、的表达以及相应的表型。这些多