人体组织microrna表达谱数据库信息的分析

《人体组织microrna表达谱数据库信息的分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、万方数据124泸州医学院学报2010年第33卷第2期．10umalofLuzhouMedicalCortegeV01．33No．22010论著人体组织microRNA表达谱数据库信息的分析代荣阳，严冬梅，刘友平，李洪(泸州医学院生物化学教研室，人类疾病细胞信号与调控I兀1)1I省高校重点实验室，Pq)ll泸州646000)摘要目的：利用数据库信息获取人体组织microRNAs(miRNAs)表达数据，通过对其系统分析获得有益信息，进而为深入研究特定miRNA的功能提供新思路。方法：从miRNAs表达谱数据库获取

2、人体多种组织miR．NAs表达信息。按表达丰度、表达非特异性和特异性等对miR．NAs表达谱进行分析；选择表达丰度大于O．004的miRNAs作为分析对象，并将在多种组织中均表达者定义为非特异性表达，而在单一组织中表达者则定义为特异性表达。结果：发现人体各种组织中miR．NAs的表达谱存在明显差异，提示miK-122和nliR一7两种miRNAs可能分别在肝脏和垂体中具有重要生理功能。结论：通过对人体miRNAs表达谱数据库资源的综合分析，有助于全面了解和掌握miKNAs在人体各种组织中的表达信息。并能为关键性

3、miR_NAs分子的筛选提供指导。关键词miR．NAs；组织表达谱；数据库；生物信息学中图分类号Q257文献标识码A文章编号1000—2669(2010)2-0124--04RESEARCHINGONDATAFROMHUMANTISSUESMIRNASEXPRESSIONDATABASESDaiRongyang，etalDepartmentofBiochemistry,LuzhouMedicalCo池擎AbstractObjective：Toobtainusefulinformationviasystemati

4、canalysisofhumantissuemiRNAsexpres．siondata，SOastosupportfurtherresearchesonspecificmiRNAs．Methods：HumantissuemiRNAsexpressiondatawereretrievedfromfiveonlinemiRNAsdatab8$es．Acomprehensiveanalysisoftheirexpressionabundanceandtissnespecificitywascarriedout．The

5、n，250miRNAswithexpressionabundancemorethan0．004werese-lectecl镐theobieetsofstudy．Thoseexpressedinvariedtissuesweredefinedastissuenon—specific；thoseex-pressedonlyinonetissueweredefinedastissuespecific．Results：miRNAsexpressionprofilesofeighthumantissueswereobta

6、ined，andtheimportanceofsomemiRNAswassuggestedbythesemiRNAsexpressionprofiles．miRNA-122andmiRNA-7，forinstance，alelikelytoplayanimportantroleinliverandpituitaryrespectively．Conclusion：ItisaneffectivecontrivancetostudymiRNAsbyconductingacomprehensiveanalysisofm

7、iRNAsexpressionprofilesfromdatabaseresources．KeywordsmiRNAs；Expressionprofiling；Database；BioinformaticsmicroRNAs(miRNAs)是一种长约22nt的非编码单链小分子RNA。miRNAs广泛存在于真核生物中，通过序列互补与特定mRNA结合，进而引起靶标mRNA的降解或抑制其翻译，最终在转录后水平抑制特定靶基因表达【11。miRNAs介导的基因表达沉默过程分为三步：首先，由RNaseⅢ(Dmsha)加工初

8、级miRNA(primalymicroRNA，pri—miRNA)得到miR．NA前体(pre—miRNA)；其次，由RNasellI(Dicer)JJIlSEpre—miRNA得到成熟miRNA；其中一条链与蛋白质结合，形成RNA诱导的沉默复合体(RNA～induced作者简介：代荣阳(1975一)，男，博士，讲师通讯作者：李i洪(1957一)。男，硕士生导师，教授silencing