牛microrna的分离、鉴定及其表达谱研究

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1、AGRICULTURALUNIVERSITYOFHEBEI硕士学位（毕业）论文牛microRNA的分禹、鉴定及其表达谱研究学位申请人：刘飞指导教师：孙少华教授合作导师：李俊雅研究员学科专业：动物遗传育种与繁殖学位类别：农学硕士授子单位：河北农业大学答辩日期：二〇一五年五月三十曰独创性声明本人声明所呈父的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研宄成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研宄成果，也不包含为获得河北农此大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一

2、同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名：

3、签字日期：_年/月学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解河北农业大学有关保留、使用学位论文的规定，有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权河^匕农业大学可以将学位论文的全部或部分内容编入有关教椐庙讲杆检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。(保密的学位论文在解密后适用本授权书）学位论文作者签名：导师签名:年月签字日期:签字日期：年/月学位论文作者毕业后去向：工作单

4、位：电话:由pis:通讯地址:分类号：S814单位代码：10086密级：公开学号：2012331牛microRNA的分离、鉴定及其表达谱研究Isolation，CharacterizationandExpressionAnalysisofBovinemicroRNA学位申请人：刘飞指导教师：孙少华教授合作导师：李俊雅研究员学科专业：动物遗传育种与繁殖学位类别：农学硕士授予单位：河北农业大学答辩日期：二〇一五年五月三十日试验所属项目及资金来源本研究由国家自然基金----牛MSCs成肌/成脂分化中差异miRNAs的分离及调控机

5、制（32101782）资助。摘要牛不仅具有重要的经济价值更有很高的生物价值。越来越多的证据表明，非编码RNA在转录后水平对动物的生长发育起了很重要的调节作用。MicroRNAs(miRNAs)是一类内源性的长度大约在22nt左右的非编码单链RNA分子，广泛地分布在动、植物及病毒中。它可以通过与靶基因mRNA的3’UTR区域碱基互补配对的方式，来使靶mRNA发生降解或者抑制其翻译。牛miRNA研究相对滞后，本研究构建了由3月龄胎儿、6月龄胎儿、12月龄青年牛3个不同生长时期的多个组织混合的miRNA的cDNA文库，然后对3个

6、文库进行高通量测序，结合生物信息学方法对牛的miRNA进行深度挖掘，并通过茎环RT-qPCR的方法检测了部分miRNA在3个不同生长时期的组织表达谱，取得的主要成果如下：构建了3个由处于3种不同生长时期的多个组织miRNA混合的cDNA文库，通过对3个文库的高通量测序，分别获得了24665837，19963158，20286502的原始读段（rawreads）。经过质量控制后，得到高质量的reads(mappedreads)的数量分别为23619093条，18746297条，18455215条。3个文库中得到的miRNA序

7、列长度均主要分布在20~24nt，且在22nt处达到峰值。并且3个文库中的UniqueReads在牛的所有染色体上均有分布。采用miRDeep程序对测序结果进行分析，3个文库中分别获得了696，646，605个miRNAs，其中已知miRNA的数量分别为449，435，430个；未知miRNA的数量分别为247，211，175个。采用茎环法RT-qPCR对9个miRNAs进行了组织表达谱研究，发现bta-miR-1、bta-miR-133、bta-miR-206在背最长肌和心肌中特异性表达，bta-miR-378在背最长肌

8、中特异性表达，bat-miR-338、bta-miR-421、bta-miR-2453、Novel_miR-381、Novel_miR-86在3月龄胎儿的各个组织中均有不同程度的表达，在6月龄胎儿和青年时期时仅在个别组织中表达。本研究通过对3个cDNA文库的高通量测序并结合生物信息学分析，发现了大量的牛miRNA序列，同时鉴定了部分miRNA的表达谱，为后续牛的基因组学相关研究奠定了理论基础。关键词：牛；microRNA；Solexa测序；表达谱Isolation,CharacterizationofExpressionA

9、nalysisofBovinemicroRNAAuthor:LiuFeiSupervisor:ProfessorSunshao-huaCo-Supervisor:ProfessorLijun-yaMajor:AnimalGenetics,BreedingandReproductionAbstractBo