锰过氧化物酶的生物信息学分析new

《锰过氧化物酶的生物信息学分析new》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、第40卷第11期广州化工Vol．40No．112012年6月GuangzhouChemicalIndustryJune．2012专论与综述*锰过氧化物酶的生物信息学分析1，21，21，2张娱，曾光明，刘利锋(1湖南大学环境科学与工程学院，湖南长沙410082;2环境生物与控制教育部重点实验室(湖南大学)，湖南长沙410082)摘要:用生物信息学的分析方法，系统地研究了锰过氧化物酶的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列，用DAMBE软件计算了基因长度、碱基组成、GC含量，蛋白质长度、氨基酸组成，找出了基因和蛋白质的相似片段，并分别绘制了每种同工酶的基因序列和蛋白质序列的系统进

2、化树。关键词:锰过氧化物酶;生物信息学;序列分析中图分类号:X172文献标识码:A文章编号:1001－9677(2012)11－0009－03*AnalysisontheBioinformaticsofManganese－dependentPeroxidases1，21，21，2ZHANGYu，ZENGGuang－ming，LIULi－feng(1CollegeofEnvironmentalScienceandEngineering，HunanUniversity，HunanChangsha410082;2KeyLaboratoryofEnvironmentalBi

3、ologyandPollutionControl(HunanUniversity)，MinistryofEducation，HunanChangsha410082，China)Abstract:ThenucleotidesequencesandaminoacidsequencesofManganese－dependentPeroxidases(MnP)werestudiedbyusingbioinformaticsanalysismethod．AsoftwarecalledDAMBEwasusedtocalculatethelengthofgenes，thebase

4、composition，theGCcontentofeachgene，thelengthoftheproteinandaminoacidcomposition．Phylogenetictreesofeachgenesequenceandtheproteinwerecreated．Keywords:manganese－dependentperoxidases;bioinformatics;sequenceanalysis锰过氧化物酶是一种糖蛋白，其分子由十条长的蛋白质单射菌、彩绒革盖菌。链和一条短的单链构成，是一系列含有一个Fe(s)－卟啉环1．2方法(IX)血红素辅

5、基的同功酶，其活性不仅依赖于H2O2，还依赖于［11］用DAMBE软件分析选定的14条锰过氧化物酶基因，计2+Mn的存在，在离体条件下能分解芳香环多聚体，被认为是木质算每条核苷酸序列的长度、各种碱基的含量、GC含量，用Fast-［1］素降解酶系统的一个重要成员。生物信息学就是要系统地利PCR6．0软件分析14种锰过氧化物酶基因中每两条基因序列之用研究者已经测出的锰过氧化物酶基因的核酸序列，通过特定间的相似性。采用最大似然法构建选定的14条锰过氧化物酶软件比对基因序列，发现它们之间的相似性和进化关系，研究木基因的系统进化树。质素降解酶的酶学特性和基因之间的联系，揭示微

6、生物学规律，拟在某种程度上从基因水平揭示酶催化反应对木质素的转化机2结果与讨论理，并将规律应用于微生物降解木质素的最佳条件中，以提高木2．1核苷酸序列分析质素的降解效率;也将为以后通过基因工程的方法改进菌更好的优化降解效果提供理论基础。2．1．1核苷酸序列基本特征筛选出的14条锰过氧化物酶基因序列虽然来自不同的菌1材料与方法种，但是其碱基组成非常相似，A、C、G、T四种碱基的含量分别相近，GC含量均超过序列碱基数的一半，均在58．10%左右，含量1．1材料近似。在DNA的4种碱基中，鸟嘌呤和胞嘧啶所占的比率称为从GenBank(www．ncbi．nlm．nih．go

7、v/Genbank)选择了14条GC含量。GC含量随着DNA种类的不同而不同，GC含量愈高，［2］［3］［4］锰过氧化物酶基因序列:Z30668，AF013257，AF161078，DNA的密度也愈高，同时热及碱不易使之变性，因此GC含量是［4］［4］［5］［5］AF161584，AF161585，D86493，AF157474，AF157475，基因序列一个非常重要的特征，结果见表1。［6］［6］［7］［8］［9］M60672，M77513，L29039，U70998，AF388395，［10］AJ566200。来源于白腐菌、污叉丝孔菌、黄孢原毛平革菌、脉*基