恶性黑素瘤的转录组学及转移相关分子机制的研究

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1、分类号：R751密级：公开恶性黑素瘤的转录组学及转移相关分子机制的研究StudyontheMolecularMechanismofMalignantMelanomaMetastasisbyHigh-throughputTrancriptomeAnalysis.作者姓名：赵华学科专业：皮肤病与性病学导师：李恒进教授答辩委员会主席：张建中论文答辩日期：二〇一三年五月二十九院校地址：北京市复兴路28号邮政编码：100853解放军医学院研究生学位论文原创性声明秉承我院“敬业、勤奋、求实、创新”的学风，本人声明：所呈交的论文是在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别

2、加以标注和致谢的地方外，论文中不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不含为获得我院或其他教育机构的学位及证书而使用过的材料，对本文的研究作出贡献的个人或集体，均已在文中做了明确的说明并表示谢意。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。论文作者签名：日期：指导教师签名：日期：解放军医学院研究生学位论文版权使用授权书本人保证毕业离院后，发表论文或使用论文工作成果时署名单位为解放军医学院或解放军总医院。学院有权保留并向国家有关部门或机构送交论文原件、复印件和电子版本，可以采用影印、缩印、扫描或其他手段保存论文以供被查阅和借阅。学院可以公布学位论文的全部或部分

3、内容（保密内容除外）。论文作者签名：日期：指导教师签名：日期：解放军医学院博士学位论文目录中文摘要……………………………………………………………………….….1英文摘要………………………………………………………………………….3缩略词…………………………………………………………………………...5第一部分恶性黑素瘤转录组研究前言……………………………………………………………………………….61.材料与方法………………………………………………………………..…….91.1实验材料……………………………………………………………………..91.2主要仪器与设备……………………………………

4、………………………..91.3主要试剂与耗材…………………………………………………………….101.4实验方法…………………………………………………………………….101.4.1细胞培养………………………………………………………………..….101.4.2总RNA提取…………………………………………………………….....121.4.3mRNA分离…………………………………………………………….…..131.4.4SOLiD转录组cDNA文库的构建…………………………………….…141.4.5SOLiD上机前准备………………………………………………………...161.5数据分析方法

5、……………………………………………………………..…171.5.1SOLiD测序序列与基因组对比………………………………………...…171.5.2构建Junction数据集……………………………………………..….…...181.5.3基因表达丰富度的统计……………………………………………….…...181.5.4差异表达基因的鉴定和功能分析……………………………………..…..191.5.5差异表达基因在染色体上的分布研究…………………………..….….…191.5.6差异表达基因调控网络和细胞转导通路的构建………………..….…….201.5.7基因差异表达数学模型的构建……

6、……………………………..………..202.结果……………………………………………………………………….....….212.1mRNA转录组文库的构建………………………………………………..…212.2RNA-seq数据质量控制研究……………………………………………..…21解放军医学院博士学位论文2.3RNA-seq数据分析………………………………………………….……...222.4基因表达丰度的统计………………………………………………….……242.5A375和A2058细胞株差异表达基因的分析……………………………..252.6恶性黑素瘤相关基因的染色体分布特点…………………

7、………………272.7与恶性黑素瘤转移相关的信号转导通路…………………………………282.8与恶性黑素瘤发生、转移相关的基因表达模式…………………………302.9鉴别scUscU,scUscD1和scDscU2的网络………………………………313.讨论…………………………………………………………………………344.结论…………………………………………………………………………38第二部分恶性黑素瘤转移相关分子机制的研究前言………………………………………………………………