基于rna-seq的dhav-1感染雏鸭组织的转录组分析

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1、分类号华中农业大学硕士学位论文密级基于RNA．Seq的DHAV-1感染雏鸭组织的转录组分析RESEARCHONTHETRANSCRIPTO削口EOFDHAV．1INFECTEDDUCKLINGSTISSUETHROUGHRNA—Seq研究生：学号指导教师：指导小组：专业：基础兽医学获得学位名称：农学硕士张清瑞2009302110124张万坡副教授程国富教授谷长勤讲师张万坡副教授胡薛英副教授程国富教授研究方向：兽医病理学获得学位时间：2013年六月华中农业大学动物医学院二。一三年一月华中农业大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文丕如需保密，解密时间年．月目是否保密口独创性声

2、明本人声明所呈交的论姓我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成暴．尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书面使用过的材料，指导教师对此进行了审定．与我一同王作的固态对本研究所做的任何贡献均已在论文中做了明确的说明，并表示了谢意，研究生签名：张漓磷酵同：2口I弓年f月2簪日学位论文使用授权书本人完全了解华中农业大学关于保存、使用学位论文的规定，印学生必蔟按照学校要求提交学位论文的印捌本和电子版本；学校有权保存提交论文的印j94版和电子版，并提供目录检索和阅览服务，可以采

3、用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文．本人餍意华中农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容，为存在馆际合作关系的兄弟高校用户提供文献传递和交换服务，同时本人保留在其他媒体发表论文的权力．注：保密学位论文(印涉及技术秘密、离韭秘密或申请专利等潜在蔷要提交保密的论文)在解密后适用于本授权书．学位论文作者擗：张奔纬导癖戳：弓岛破签名日期：2Df；年f月砰日签名日期：&饥弓年c月2≯日基于RNA-Seq的DHAV-1感染雏鸭组织的转录组分析目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．iAbstr

4、act⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．ii缩略词表⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯iii第一章文献综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11DHAV-1和DHAv-1研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．1DHAV．1流行和危害⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．11．1．1国外DHAV-1流行现状⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．1．2国内DHAV-1流行现状⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．1．3DHAV．1的危害⋯⋯⋯⋯⋯⋯

5、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．2DHAV．1及其特性⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．21．2．1DHAV-1的形态与结构⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯21．2．2DHAV-1的理化特性⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯21．2．3DHAV-1的宿主特异性⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯21．3DHAV．1的分子学特性⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．21．4DHAV．1的致病机理⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．32RNA—Seq⋯⋯．⋯．⋯⋯⋯．⋯．⋯．⋯．⋯．⋯．⋯⋯⋯．⋯⋯．⋯．⋯⋯⋯．⋯．⋯．⋯．⋯．．⋯⋯⋯⋯．．⋯

6、．⋯．⋯．．82．1RNA．Seq技术的流程⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．42．2RNA．Seq数据处理⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯82．3RNA．Seq技术在筛选疾病相关基因中的应用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯73高通量测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．73．1三种常见的测序平台⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯83．1．1Illumina测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯83．1．2454测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。73．1．3SOLiD测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯

7、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯94荧光定量PCR⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯95本研究的目的和意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯10第二章DHAV-1感染雏鸭的组织RNA．Seq⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．111材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．111．1主要仪器⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯111．2试剂⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．111．2．