基于rna-seq的绒山羊皮肤行囊转录组数据组装和分析

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1、内蒙古农业大学研究生学位论文独创声明本人申明所呈交的学位论文是我本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包括其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包括为获得我校或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料，与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。，、一幽论文作者签名：燃日期：逸螂／日内蒙古农业大学研究生学位论文版权使用授权书本人完全了解内蒙古农业大学有关保护知识产权的规定，即：研究生在攻读学位期间论文工

2、作的知识产权单位属内蒙古农业大学。本人保证毕业离校后，发表论文或使用论文工作成果时署名单位为内蒙古农业大学，且导师为通讯作者，通讯作者单位亦署名为内蒙古农业大学。学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子文档，允许论文被查阅和借阅。学校可以公布学位论文的全部或部分内容(保密内容除外)，采用影印、缩印或其他手段保存论文。论文作者签名：指导教师签名：日摘要绒山羊绒毛生长发育模式非常复杂，受基因和环境共同调控。生长因子及其受体作为体内分泌协调基因和环境的重要环节，对绒毛的生长调控起着极其重要的作用，多种因子共同构成了毛囊发育和周期性生长的复杂

3、网络，目前还无法明确其中具有关键性的作用的网络和网络中的关键因子。随着大规模测序技术特别是转录组测序技术的发展，使得批量获得大量数据成为可能，特别是目前在已经拥有山羊基因组参考序列的情况下，我们可以把转录本映射回基因组，确定转录本位置、剪切情况等较为全面的遗传信息，本研究以6只来自于内蒙古白绒山羊阿尔巴斯型个体RNA-seq测序数据为研究对象，通过生物信息学方法对转录组数据进行了分析，得到以下主要结论：1、质控检测结果表明前续试验所测得6个样本转录组序列结果均合格，可用于后续生物信息学分析，筛选共得到617个在初级毛囊和次级毛囊中差异表达的基因，其中

4、，上调表达基因297个，下调表达基因320个。2、G0分析表明上调表达基因主要行使：电子传递链、呼吸链电子传递、线粒体电子传递、基因表达、RNA代谢、小分子代谢过程、T细胞分化、翻译、mRNA剪切、细胞运输等生物学功能；下调表达基因主要行使：细胞自我吞噬、蛋白质复性、中性粒细胞聚集、细菌防御反应、真菌防御反应、中性粒细胞趋化性、精氨酸分解代谢过程、自噬泡组件装配、炎症反应过程中自细胞迁移、肥大细胞活化等生物学功能。3、KEGG分析表明上调基因主要参与：帕金森氏病、底物磷酸化、亨廷顿舞蹈病、阿尔茨海默病、剪切、代谢途径、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、嘧啶代谢、

5、减数分裂、心肌收缩等信号通路；下调基因主要参与：亨廷顿舞蹈病、帕金森氏病、底物磷酸化、阿尔茨海默病、剪切、趋化性细胞因子信号通路、醚脂类代谢、泛素介导的蛋白水解作用、VEGF信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成等信号通路。4、共表达能力最强的10个基因分别为：PAIP2、C1lorflO、NDUFCl、goat—GLEAN一10009932、goat_GLEAN_10009933、goat—GI。EAN一10009934、TNNCl、TOMM7、BAG2、PCP41．】。关键词：绒山羊；毛囊；转录组；RNA—seqAssemblyandAnalysiso

6、fHairFollicleTranscriptomeDefinedbyRNA-SeqinCashmereGoatAbStractThegrowthanddevelopmentmodelofcashmerewoolisverycomplicated，whichisregulatedbothbygenesandenvironment．Astheimportantpartofcoordinationendocrineofgeneswithenvironment，thegrowthfactoranditsreceptorplaysaveryimportant

7、roleinthegrowthregulationfollicleofthecashmere．Acomplexnetworkoffolliculardevelopmentandcyclicalgrowthconsistsofavarietyoffactorstogether．Thekeyfunctionofthenetworkandthekeyfactorcannotbeclearnow．Withthedevelopmentoflarge：scalesequencingtechnology，especiallyinthecase'currentiyw

8、ithagoatgenomereferencesequence，whichmakesitpossibleto