板栗疫病菌est数据库构建及数据的分析

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1、广西大学硕士学位论文板栗疫病菌EST数据库的构建及数据分析姓名：商巾杰申请学位级别：硕士专业：生物化学与分子生物学指导教师：陈保善20041201广西大学硕士论文板栗疫病菌EST数据库构建及数据分析摘要板栗疫病菌是引起板栗疫病的病原真菌。由于受低毒病毒感染后，导致其低毒性，板栗疫病菌成为解析毒力调节组分的植物病原真菌模型之一。低毒病毒／板栗疫病菌系统也是研究病毒一寄主相互作用的一个优秀模型。用以板栗疫病菌EPl55和EP713为供体菌株构建的EST九文库转换成为质粒文库，共获得了28，800个克隆。提取了五百多个质粒

2、克隆并进行了测序，初步确定了不同EST的丰度。对26，016个质粒克隆进行PCR反应，以排除空质粒和小片段克隆，并选取高丰度质粒EST序列做成探针，与质粒EST文库中22，752个质粒克瘫进行原位杂交，以排除高丰度克隆。然后提取19，786个质粒克隆进行大规模测序，得到8,712个有效EST数据，代表3,806个假定的独立基因(TentativeUniqueTranscripts，TUT)，将8,712个有效EST数据在NCBI上进行BLASTX得到功能注释的有2915个ESTS，代表686TUTS。其中亚细胞定位(

3、27％)和蛋白质合成(24％)功能占所有功能分类的．_半以上。关键词：板栗疫病菌，EST，原位杂交，PCR，序列分析商巾杰：板栗疫病菌EST数据库构建和数据矜析CryphonectriaparasiticaESTDatabaseConstructionandItsAnalysisAbstractCryphonectriaparasitica，thecausativeagentresponsibleforthechestnutblight，hasbecomeamodelphytopathogenicfungusford

4、issectingthevirulenceregulatorycomponents，duetothehypovirulenceresultedformtheinfectionofthefungusbythehypovirus．TheHypovirus／Cryphonectriaparasiticasystemisalsoanexcellentexperimentalmodeltostudythevirus·hostinteractionforfundamentalvirologyissues．Inthisstudy,

5、AC．parasiticaESTplasmidlibrarywasobtainedbytheinvivoconversionoftheCparasiticaEST九library,whichwaspreviouslyconstructedfromthemRNAsisolatedfromthewild—typestrain(virus—free)andthehypovirus--infectedstrainofC．parasitica-Atotalof28，800plasmidcloneswereobtained．Em

6、ptyplasmidsandsmallsegmentcloneswerediscriminatedbypolymerasechainreaction(PCR)．Initially,about500plasmidclonesweresequencedtodeterminetheabundanceofspecificESTsequences-Highabundantsequenceswereusedtoprobetheredundantclonesinthelibrarybycolonyinsituhybridizati

7、on·7广西大学硕士论文Atotalof19786lessredundantplasmidDNAclonesweresequencedfromthe3’endoftheinsertand8,712validatedESTwereobtained，whichrepresented3,806individualtentativeuniquetranscriptsfru33．Byblastanalyze，2915ofthe8721validatedESTs，therepresent686TUTs，wereassignedf

8、unctions．Morethan50％oftheTUTswithfunctionassignedareassociatedwithsubcellularlocalization(27％)andproteinsynthesis(24％)．AnESTdatabaseofCparasiticawasconstructed-Keyword：Cryph