大口黑鲈est数据库分析及与生长相关的分子标记筛选

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1、学校代码：10264研究生学号：M100101106上海海洋大学硕士学位论文大口黑鲈EST数据库分析及与生长相关的题目：分子标记筛选AnalysisofESTdatabaseforLargemouthBass(Micropterussalmoides)andscreeningofMolecularmarkersofassociation英文题目：withgrowthtraits专业：水产养殖研究方向：水产动物遗传育种姓名：景燕娟指导教师：白俊杰研究员二O一三年五月二十日上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所

2、呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等

3、复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学博/硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注江世贵中国水产科学研究院研究员主席梁旭方华中农业大学教授委员邹记兴华南农业大学教授委员罗建仁珠江水产研究所研究员委员朱新平珠江水产研究所研究员委员马冬梅珠江水产研究所副研究员秘书答辩地点珠江水产研究所答辩日期2013.5.26II上海海洋大学硕士学位论文大口黑鲈EST数据库分析及与生长相关分子标记的筛选摘要大口黑鲈是遗

4、传研究和基因信息比较缺乏的物种。目前大口黑鲈可利用的有效标记数量有限，建立表达序列标签（EST）数据库，为SSR和SNP的开发提供了新的途径。本研究应用高通量罗氏454测序技术对大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库，并以文库为基础进行大口黑鲈SSR和SNP的筛选及生长性状的关联分析，主要研究内容和结果如下：1、大口黑鲈两个亚种EST数据库的构建和分析应用新一代高通量测序技术Roche454对大口黑鲈北方亚种（M.salmoidessalmoides）和佛罗里达亚种（M.salmoidesfloridanus）进行转录

5、组测序并建立ESTs数据库，结果得到北方亚种ESTs序列468671条，佛罗里达亚种ESTs序列332322条，两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5bp和304.4bp。将得到的高质量序列进行拼接，大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42056条和35743条，平均长度分别是612.6bp和588.2bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并，通过与蛋白数据库比对后，共78938条EST序列被注释，根据GeneOntology（GO）信息，对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈

6、合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘，发现了含SSRs和SNPs的序列分别是25469和8547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较，结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。2、大口黑鲈EST-SSR标记的开发选取133条SSRs序列并设计引物，其中15对能够扩增出带型清晰且有多态性的谱带。用这15对引物分析大口黑鲈微卫星的多态性，结果表明：每个位点检测到的等位基因数为2-5个，平均等位基因是2.533个，观测杂合度（Ho）和期望杂合I上海海洋大学硕士学位论文度（He）的范围

7、分别为0.150-0.857(平均0.480)和0.262-0.739(平均0.550)，平均多态信息含量（PIC）的范围为0.261-0.740(平均0.384)。Hardy-Weinberg平衡的卡方检验结果表明15个位点中只有一个位点（Contig44566）严重偏离了平衡。3、大口黑鲈SNP的筛选及载脂蛋白部分序列上SNP多态性与生长相关的分析根据大口黑鲈EST库中的载脂蛋白、激活素、锌指蛋白等生长代谢基因的10个片段设计引物扩增，结果共得到了14个SNP位点。为进一步研究其中载脂蛋白（载脂蛋白A1、载脂蛋白A4和载脂蛋白C1）基因上的

8、SNP位点，将其在另外一个群体中进行验证，结果表明大口黑鲈载脂蛋白A1基因上有1个颠换SNP位点：A+489C；载脂蛋白A4上筛到1个转换SNP位点：