烟草转录组测序及ntttg2调控arf同源基因表达的研究

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1、万方数据TOBACCOTRANSCRIPTOMEANALYSISREVEALINGTHEROLEOFNTTTG2INREGULATINGEXPRESSION0FPUTATIVE4U删RE&PI引恤尉C跏GENESBYShuyuanMuADissertationSubmittedtoNanjingAgriculturalUniversity,Nanjing，P．R．ChinainPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheMasterDegreeofAgronomyDirectedbyProfessorHansongDongNanjingAgricultur

2、alUniversityNanjing210095，P．R．ChinaJune2014万方数据原创性声明lUllIIIIIIIIIIIIIIY2975568本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已●经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中，以明确方式标明。本人完全意识到本声1明的法律结果由本人承担。学位论文作者(需亲笔)签名：穆弓扭援沙f华年占月弓自学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机

3、构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南京农业大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编学位论文。保密口，在年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密彭(请在以上方框内打誓√一)学位论文作者(需亲笔)签名：奄芗投越沁恤年舌月≥臼导师(需亲笔)签名：C乡--0／名年够日万方数据目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．⋯．⋯⋯．．．⋯⋯．．⋯⋯⋯．⋯．⋯⋯⋯．．．⋯⋯．．⋯⋯．．⋯．．IABSTRACT⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．III第一部分文献综述⋯⋯

4、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。1第一章测序技术的进展和应用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．11测序技术的发展史概述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．1第一代测序技术⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．11．2第二代测序技术⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．21．3第三代测序技术简介⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．41．4其它新型测序技术概述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．52高通量测序技术的应用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯6第二章植物WD40蛋白结构与功能概述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．9

5、1WD40蛋白的定义和结构体系⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．92真核生物蛋白组中含有丰富的WD40结构域⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．103TTG蛋白研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．1l第三章生长素信号通路概述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯13第二部分研究报告⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．17第一章烟草转录组测序与分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯171材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．181．1植物材料⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯181．2叶片总RNA的提取⋯⋯⋯⋯

6、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯181．3cDNA文库的建立和测序⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯181．4数据分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯192测序数据结果与分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．202．1原始数据处理⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯202．2Unigenes的功能注释⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯232．3Unigenes的功能分类⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯252．4Unigenes代谢途径分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯272．5CDS预测⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯28万

7、方数据烟草转录组测序及NtTTG2调控ARF同源基因表达的研究2．6基因表达水平分析及RNA．seq整体质量评估⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．29第二章受NtTTG2调控的ARF同源基因鉴定与ARF8转录功能研究⋯⋯⋯⋯31l材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．321．1植物材料⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯321．2归入生长素反应的unigenes分类⋯⋯⋯⋯