中国人群股骨颈抗压强度指数全基因组拷贝多态性关联的研究

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1、学校代码】Q塾2密级中国人群股骨颈抗压强度指数的全基因组拷贝数多态性关联研究Genome—WideCopyNumberPoIymorphismAssociationStudyWithCompressionStrengthIndexinChinesePopuIation研究生姓名指导教师姓名、职称学‘科专业研究方向湖南师范大学学位评定委员会办公室二零一一年三月兽■，iL■■■厂—]中文摘要骨质疏松症是一种骨骼过度脆弱的疾病，每年都导致大量的老年人低创伤性骨折。骨质疏松性骨折是骨质疏松症的最严重的后果，这会花费巨额的医疗费用。骨强度是衡量骨质疏松性骨折

2、的最重要的决定因素。骨密度是目前最主要的用来衡量骨强度的参数，但却不是唯一的。科学家在预测骨强度风险因子上做了很多的探索，其中股骨颈抗压强度指数(CSI)是最新提出来用来衡量骨强度的一个参数，它结合了股骨颈骨密度(FNB佃)、股骨颈宽度(FNW)和体重(Weight)等变量的综合效应。以往的研究显示，CSI是一个复杂的性状，并且拥有较高的预测骨折风险的能力和较高的遗传率。通过使用单核苷酸多态性(SNP)作为遗传标记，前期研究已经鉴定了一些CSI的遗传因子，但仍有大量遗传因子未被发现。拷贝数多态性(CNP)是一种染色体结构变异，它在一些复杂疾病的发病

3、机理中起重要作用，但目前针对CNP的研究还很少，尤其是在CSI相关研究领域。为了检测CNP是否对CSI有效应，确定更多的CSI候选基因，本研究在中国人群开展了第一个CSI的全基因组CNP关联研究。本研究选用1627个无血缘关系中国人作为初始研究样本，2286个美国无血缘关系欧洲裔高加索人作为验证样本。CSI的计算公式为CSI=(FNBiD×FNW)／Weight。基因分型芯片采用的是Affymetrix公司最新的GeneChipHumanMappingSNP6．0芯片，它包含1，319个CNP探针。在中国人群中的初始分析中发现4个CNPs与CSI显

4、著相关(P

5、一些骨代谢的候选基因位于与CSI相关的CNP之内或附近，如删这是首次发现CNP与CSI的变异有关。本研究采用最新的芯片及研究方法对CSI的遗传因子进行了鉴定并首次发现CNPl24、CNPll75等CNPs在中国人群中与CSI相关，本研究的结果表明CNP可能通过改变染色体的基因的结构，引起区域内或周边基因的正调控与反调控，从而对基因的表达产生影响。另一方面，CNP拷贝数的多少直接影响翻译目的蛋白产物的量，从而直接引发相应的疾病。总之本文极大的丰富了对CSI遗传机理的认识，为后续基因功能研究提供了重要信息。关键词：全基因组关联分析，拷贝数多态性，股骨颈

6、抗压强度指数，CNPll75Ⅱgenome-widecopynumbervariation(CNV)associationstudyforCSIinChinesesampleandreplicationstudyinanindependentCaucasJansample．MaterialandMethods：Initialdiscoverysampleandreplicationsampleconsistedof1627Chineseand2286Caucasian，respectively．Compressionstrengthindex(CS

7、I)iscalculatedasfollows：CSI=(FNBMDXFNw)／Weight．PeripheralbloodsampleswerecollectedforDNAextraction．AllthesamplesweregenotypedusingAffymetrixGenome—WideHumanSNPArray6．0whichcontains1，319CNPsprobes．TheBirdsuitepackagewasusedforgenotypecalling，genotypingqualitycontrol，andCNPmiden

8、tification．WeusedsoftwarePLINKtoperformtheassociationanalysis