武汉东湖pp类噬藻体遗传多样性研究及噬藻体pp全基因组测序

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1、华中师范大学硕士学位论文武汉东湖PP类噬藻体遗传多样性研究及噬藻体PP全基因组测序姓名：侯昆申请学位级别：硕士专业：水生生物学指导教师：赵以军20070613⑨硕士擘位论丈MASTER。STHESIS摘要本文对比了两种引物T7和159对藻核酸和噬藻体PP的核酸的扩增效率，发现引物159可以特异性扩增出噬藻体PP的核酸，通过克隆测序，优化设计了引物159B，该引物可以高效地扩增出噬藻体PP的核酸。进一步，利用引物159B对若干季节的武汉东湖不同湖区的PP类噬藻体进行PCR扩增和PCR产物直接测序，通过

2、序列比较，发现PP类噬藻体PCR扩增序列的差异不大(平均差异为2．93％，最大差异不超过8％)，因此推测环境中PP类噬藻体的遗传多样性较为稳定。本文还使用RAPD法研究了环境水样的PP类噬藻体的遗传多样性，结果发现，不同时空来源的PP类噬藻体的RAPD电泳图谱高度相似，也说明东湖的PP类噬藻体遗传差异不大。为了进一步研究噬藻体PP分子生物学的性质，我们还尝试了对噬藻体PP的全基因组进行测序。测序最后得到了159个不能拼接的片段，将这些片段分别与NCBI中的病毒库和原核生物库进行了比对，其平均相似值分

3、别是26．13％和49．03％，这一结果说明测序时可能发生有宿主和细菌DNA污染。同时，我们也发现，尽管噬藻体PP的第132、102、78和17号序列无法拼接成一个序列，但它们均与噬藻体P翻ⅣMP4的第40号开放阅读框相似，且相似区域是重叠的。类似的情况还出现在了第93和78号序列上(对应的是P甜聊巾)4的第37号开放阅读框)，及第143和5号序列上(对应的是Pf-WMP4的第36号开放阅读框)，噬藻体PP第8l号序列与噬藻体Ma-LMM01的序列片段也有68％的相似性。这至少说明部分测序结果是未受

4、污染的。关键词：引物；PP类噬藻体；序列比较；东湖；全基因组⑨硕士学位论文MASTER‘STHESISAbstractWehaveusedtwopnmersT7andl59toamplifyalgaenucleicacidandcyanophagePPnucleicacidandfoundthat159primersc卸specificallyamplifycyanophagePPDNA,thentheamplieationproductwasclonedandsequenced．Subsequen

5、tly,159BprimersWCI'ewelldesignedandtllcyCaneffectivelyamplifiedtheDNAofcyanophagePP．Furthermore，weusedprimers159Btoamplify；thenumbersofsamplesofPP—likecyanophagesindifferenttemporalandspatialinWuhanDonghuLa】(e。thenthePCRproductsweredirectlysequenced．Th

6、ecomparisonofsequencessugguestedthatthedifferenceofcyanophagePCRsequencesisnotbig(theaveragedifferenceis2．93％andthelargestoneislessthan8％1．SoWeconcludethatthegeneticdiversityofPP-likecyanophageinenviromentsisstable．ThispaperstillusesRAPDtostudythegenet

7、icdiversityofPP—likeeyanophageinnatureenvironment．TheresultalsoindicatesthatthegeneticdiversityofPP-likecyanophageisstable．hlordetostudythemolecularbiologyofcyanophagePPinnature,WehavetriedtosequencethegenomicDNAofcyanophagePP,butWegot159contigswhichCa

8、nnotbejointedintoaintegratedgenomicsequence．Weblastthesefi'agmentswiththevirusandtheprokaryotesseparatelyintheNCBI，andtheaveragesimilarvalueisseparately26．13％and49．03％．TheresultindicatesthathostandbacterialDNAcontaminationmayhavebeenocc