基于转录组数据的昆虫特异性序列及非编码rna基因的发现

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1、DISCoVERYoFINSECTSPECIFICSEQUENCESANDNoNCoDINGRNAFRoMTRANSCRIPToMEDATAJuanXueADissertat，ionSubmittedtoNanjingAgriculturalUniversityInPartialFulfillmentoftheRequirementsFortheMasterDegreeofAgricultureScienceSupervisedbyProf．FeiLiDepartmentofEntomologyCollegeofPla

2、ntProtectionNanjingAgriculturalUniversity,Nanjing210095，P．R．ChinaJune2012ne1原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体己经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者(需亲笔)签名：穰训z年6月7日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了

3、解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南京农业大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编学位论文。保密口，在——年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密“(请在以上方框内打“寸’)学位论文作者(需亲笔)签名：葛蛹导师(需亲笔)签名：纱fz年‘月7日珈1年6月7日目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．IABSTRACT⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

4、⋯⋯．．III第一章文献综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．1物种进化及新基因的产生⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．11．1．1物种进化及自然选择⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．11．1．2新基因的发现⋯．．D"I⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．31．1．3新基因产生的机制⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．31．1．4研究新基因产生的意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯51．2转录组数据的研究⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯51．2．1转录组及转录组测序的定义⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯51．2．2研究转录组的方法及流程⋯⋯⋯

5、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．61．2．3转录组测序技术发展史及其原理⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．71．2．4转录组测序技术存在的问题及展望⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．81．3非编码RNA研究概况⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．91．3．1非编码RNA的定义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．91．3．2发现非编码RNA的技术路线⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．101．3．3非编码RNA的分类⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯101．3．4非编码RNA的调控机制及其功能⋯⋯．⋯．．⋯⋯．．．⋯⋯．．．101．3．5非编码RNA研究历史及其研究意义⋯⋯⋯⋯

6、⋯⋯．⋯⋯．．．111．3．6常用非编码RNA数据库⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．121．4本论文研究的目的及意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯13第二章鳞翅目特异性基因的发掘及G0分析⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．152．1材料和方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯152．1．1数据⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．152．1．2数据库及软件⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．152．1．3生物信息分析流程⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯162．2结果与分析⋯⋯⋯⋯⋯．．．⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯162．2．1转录

7、组数据注释及分析．．⋯⋯⋯⋯．．．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．162．2．2特异性基因的发现⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．212．2．3Blast2Go分析⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯22第三章同翅目特异性基因的发掘及G0分析⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．3l3．1材料和方法⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯．313．1．1数据⋯．．．⋯⋯．⋯⋯．．⋯⋯．⋯⋯⋯⋯．．．．⋯⋯⋯．313．1．2数据库及软件⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯313．1．3生物信息分析流程⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯．⋯⋯．．．323．2结果与分

8、析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．323．2．1转录组数据深度分析⋯⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．32基于转录组数据的昆虫特异性序列及非编码RNA基因的发现3．2．2特异性基因的发现⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯373．2．3Blast2Go分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯38第四章昆虫转录组中非编码RNA基因的预测⋯⋯⋯