不同条件下柠条锦鸡儿荧光定量pcr内参基因筛选

不同条件下柠条锦鸡儿荧光定量pcr内参基因筛选

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时间:2019-02-28

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1、摘要柠条锦鸡儿属于豆科植物,是具有很高经济价值和生态价值的饲料灌木,广泛分布于中国西北和蒙古。作为一种抗逆性强的植物,它具有优异的耐干旱、耐寒冷、耐盐碱等其他非生物胁迫的特性。本研究中使用了11个候选内参基因(ACT、GAPDH、EF1α、UBQ、TUA、TUB、TUB3、CAP、SKIP1、SKIP5-1、SKIP5-2),通过geNorm、NormFinder和BestKeeper分析软件以及ΔCt法分析这些内参基因在不同实验条件下基因表达的稳定性。经过综合分析后,我们筛选到了分别在干旱、低温、高温、盐、ABA和高pH值处理下及所有样品中,最稳定的内参基因。

2、最后,在以上六种处理条件下,通过使用最稳定的内参基因、最稳定内参基因组合和最不稳定的内参基因对CkWRKY1(1个从柠条锦鸡儿分离的WRKY转录因子编码基因)的基因表达进行了分析。具体结果如下:1、在六种处理下,所有的129个样本中,GAPDH、EF1α和SKIP5-1是最稳定的内参基因,EF1α+SKIP5-1是最稳定的内参基因组合,TUA和TUB是最不稳定的内参基因。2、SKIP5-1和CAP在干旱胁迫下,GAPDH、SKIP1和SKIP5-1在高温胁迫下,CAP、ACT和SKIP5-1在低温胁迫下,EF1α、SKIP5-1和SKIP5-2在盐胁迫下,EF1

3、α和ACT在ABA处理下,EF1α在高pH值胁迫下,是最稳定的内参基因。3、组合SKIP5-1+CAP在干旱胁迫下,SKIP5-2+EF1α在高温胁迫下,SKIP5-1+SKIP5-2在盐胁迫下,TUB+TUB3在低温、高pH值胁迫和ABA处理下,是最稳定的内参基因组合。4、SKIP1和TUB3在干旱胁迫下,TUB在高温胁迫下,CAP和SKIP1在盐胁迫下,TUA在低温、高pH值胁迫和ABA处理下,是最不稳定的内参基因。5、在六种处理下,CkWRKY1的基因表达情况表明:最不稳定的内参基因与最稳定的内参基因或最稳定的内参基因组合相比,最不稳定的内参基因会导致不准

4、确的分析结果,说明本实验筛选的内参基因的结果具有可靠性。关键词:柠条锦鸡儿;qRT-PCR;内参基因;不同胁迫条件ReferenceGeneSelectionforqRT-PCRinCaraganaKorshinskiiKom.UnderDifferentStressConditionsAbstractCaraganakorshinskiiKom.widelydistributesinnorthwestChinaandMongolia,andisanimportantforagebushbelongingtothelegumefamilywithhighecon

5、omicandecologicalvalue.Asastressresistantplant,itshowsstrongtolerancetodrought,cold,salinityandalkaliconditions.Inthisstudy,suitablereferencegeneswerescreenedunder6differentstressconditionsfrom11candidatereferencegenes,includingACT,GAPDH,EF1α,UBQ,TUA,CAP,TUB,TUB3,SKIP1,SKIP5-1andSKIP

6、5-2.Totally129samplesunderdrought,heat,cold,salt,ABAandhighpHtreatmentwereprofiled,andsoftwaresuchasgeNorm,NormFinder,BestKeeperandΔCtmethodwereusedforreferencegeneevaluationandselection.TheseresultsprovidesomestablereferencegenesandreferencegenecombinationsforqRT-PCRunderdifferentst

7、ressesinC.korshinskiiKom.ThenCkWRKY1wasdetectedbyusingtheselectedmoststableandunstablereferencegenesandgenecombinationunderdifferenttreatments.Theresultsareasfollowing:1.Acrossallthe129samplesundersixdifferenttreatments,GAPDH,EF1αandSKIP5-1arethemoststablereferencegenes,EF1α+SKIP5-1i

8、sthemoststab

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