通过rna测序技术确定肺鳞癌实时荧光定量pcr内参基因

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1、复旦大学万方数据硕士学位论文通过RNA测序技术确定肺鳞癌实时荧光定量PCR内参基因IdentificationofReferenceGenesforqRT-PCRinHumanLungSquarrous-cellCarcinormbyRNA-Seq院专姓系：中山医院业：外科学名：马军指导教师：王群主任医师指导小组：蒋伟、时雨、张永星、詹成完成日期：2014年4月15日万方数据论文独创性声明本论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。论文中除了特别加以标注和致谢的地方外，不包含其他人或其它机构已经发表或撰写过

2、的研究成果。其他同志对本研究的启发和所做的贡献均已在论文中作了明确的声明并表示了谢意。作者签名：鬲蚤日期：蛰辟，写：S论文使用授权声明本人完全了解复旦大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留送交论文的复印件，允许论文被查阅和借阅；学校可以公布论文的全部或部分内容，可以采用影印、缩印或其它复制手段保存论文。保密的论文在解密后遵守此规定。作者签名：豸釜导师签名：日期．厶醍g：罗万方数据lIllllIIIIIIIIIIIIIIIllIIIIIIllllllIIIIlUlY2867561目录通过RNA测序技术确定肺鳞癌

3、实时荧光定量PCR内参基因⋯⋯．1中文摘要．．．．．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯．．．．．．．．⋯．．．．．．．．．．．1英文摘要．．．．⋯⋯．⋯⋯⋯⋯．．．⋯⋯．．．．．．．．．．⋯．2前言．．．．．．⋯．．．．．．．⋯．．．．⋯⋯．．．．．．．．．．．⋯⋯⋯．3日lJ舌．．．．．．⋯．．．．．．．⋯．．．．⋯⋯．．．．．．．．．．．⋯⋯⋯．J第一部分通过RNA测序确定肺鳞癌的内参基因⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．5摘要．．⋯．．．．．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．⋯⋯．5材料与方法．．．⋯⋯．．⋯⋯．．．．．．．．．．．．．．⋯⋯⋯．5结果⋯⋯⋯⋯⋯

4、．．．⋯⋯．．．⋯．．⋯⋯．．⋯⋯14讨论．．．．．．．⋯．．．⋯．⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．24第二部分通过qRT-PCR验证RNA测序结果⋯．．．⋯．．⋯．．．26摘要⋯⋯．．．．⋯⋯⋯⋯⋯．．．⋯．⋯⋯．⋯⋯．26材料与方法．．．．⋯．．．．．⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯．⋯⋯．27结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．．⋯⋯⋯．．．⋯⋯．⋯⋯35多口木⋯⋯⋯⋯⋯⋯···⋯⋯⋯···⋯⋯·⋯⋯uu讨论⋯．．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯37全文总结．．．．．．．．．．．．⋯⋯．．⋯⋯．．．．．．．．．．．．⋯．．．．38参考文献．．．．．⋯．．⋯⋯

5、⋯．⋯．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39综述⋯．．．．．．．⋯⋯⋯⋯．．．．．．．．．．．⋯．．⋯⋯⋯．．43参考文献⋯⋯．．．．．．．．．．．⋯．．．．．．．⋯⋯．⋯．．．．⋯．47附录．．．．．．．．．．．．．．．．．⋯．．．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．．．．．．50致谢⋯．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．⋯．．．．．．．．．．．．．．．．．．51万方数据通过RNA测序技术确定肺鳞癌实时荧光定量PCR内参基因中文摘要通过RNA测序技术确定肺鳞癌实时荧光定量PCR内参基因(中文摘要)目的：qRT-P

6、CR检测的准确性高度依赖于可靠的内参基因，然而在肺鳞癌细胞中许多常用的内参基因表达并不稳定，因此不适合于量化和标准化qRT-PCR数据。本研究的目的是在肺鳞癌中确定新的可靠的内参基因。材料和方法：采用RNA测序技术，检测5例正常组织和44例肺鳞癌组织全基因组表达情况。检测了15个常用的内参基因的表达情况，以及确定了五个候选内参基因。为了验证RNA测序结果，我们用qRT-PCR检测另外100对正常肺组织和肺鳞癌组织中这20例基因的表达情况，然后用geNorm和NormFinder分析结果。结果：在15例常用的内参基因中有1

7、4例(B2M，GAPDH，GUSB，HMBS，HPRTl，IP08，PGK1，POLR2A，PPIARPLP0，TBP,TFRC，UBC，VWHAZ)表达水平太低，以致不能容易地检测到，或表达水平在正常组织与肿瘤组织之间存在较大差异，甚至相同组织类型也存在较大的表达差异。与此相反，15例常用内参基因中有1例内参基因(ACTB)和5候选内参基因(EEFlAl，FAU，RPS9，RPSll和RPSl4)在所有样品中稳定的高表达。结论：ACTB，EEFlAl，FAU，RPS9，RPSll和RPSl4是肺鳞癌qRT-PCR理想的

8、内参基因，而另外14种常用的qRT-PCR内参基因可能并不适宜。关键字：内参基因肺鳞癌RNA测序万方数据通过RNA测序技术确定肺鳞癌实时荧光定量PCR内参基因英文摘要IdentificationofReferenceGenesforqRT-PCRinHumanLungSquamous—cellCarcinomabyR