基于16srdna高通量测序的猪舍空气微生物检测及其污染传播研究

《基于16srdna高通量测序的猪舍空气微生物检测及其污染传播研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、万方数据SichuanAgriculturalUniversityMasterDegreeDissertationDetectionforpiggeryairmicrobialandResearchoncontaminationandPropagationproblemsbyl6SrDNAhigh—throughputsequencing1—1一一ByLiHong—meiDirectedbyProf．BaiLinFarmAnimalGeneticResourcesExplorationandInnovationKeyLaborato

2、ryofSichuanProvince，SichuanAgriculturalUniversityYa’an，SichuanProvince，ChinaMay,2014一㈣堕憾7一㈣型删1一㈣塑万方数据论文指导小组成员李英教授、曾博博士、姜冬梅实验师(四川农业大学动物科技学院)本论文由国家生猪产业技术体系四川创新团队建设项目(SZCXTD．2)、教育部长江学者和创新团队发展计划(RTl3083)资助本论文在四川农业大学“畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室”完成万方数据论文独创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文是我个人在导师

3、指导下进行研究工作所取得的成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，学位论文中不包含其他个人或集体己经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得四川农业大学或其它教育机构的学位或证书所使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名摩乡掏关于论文使用授权的声明劢归乡月f本人完全了解四川农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意四川I农

4、业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研究生签名：摩幺构导师签名：m力j4年易月J}日归呖年f月ff目万方数据}两要空气微生物是规模化猪场环境污染的重要因素之一，空气中的病原微生物会影响动物、工人和周边居民的健康状况，而空气中的微生物可能来源于粪便细菌的雾化。目前，对猪舍空气微生物的研究，主要集中在少数几种微生物或者某一特定病原微生物。关于猪舍空气微生物的多样性及丰度的研究，猪舍对周围环境的空气污染状况研究，以及猪粪微生物和空气微生物的对比研究，涉及较少。因此，本实验以四川省邛崃市金利猪场为研究对象，从

5、2013年7月到8月，以液体撞击式空气采样器采集猪舍和距离猪舍不同距离的空气样品，同时采集粪便样品，提取样品总DNA，将DNA样品送往北京诺禾公司测序，然后利用QIIME软件分析样品的丰度、多样性及差异。G【多样性分析和B多样性分析结果显示，粪便微生物和周围空气微生物多样性及丰度差异显著(P<0．01)，不同距离处的空气样品差异不显著(P>O．05)。另外，利用QIIME软件从OTUs水平分析不同距离处的空气样品差异显著性，至少25％的样品中含有的OTUs的总数是2593个，其中丰度差异显著的有27个。差异显著的OTUs仅占总体OT

6、Us的1％，说明总体差异不显著，分析表明是由于差异不显著的OTUs掩盖了差异显著的OTUs。观察丰度差异显著的27个OTUs，我们发现，随着距离增加，没有表现出明显的变化规律。从OTUs水平分析，使用R软件编程找出了：A类微生物，B类微生物和c类微生物。A类微生物是舍内污染性微生物，即猪舍内含量高于猪舍外，并且含量随着距离呈梯度变化的微生物；B类微生物是舍内潜在污染性微生物，即猪舍内高于猪舍外，但是含量不随距离呈梯度变化的微生物；C类微生物是舍内非污染性微生物，包括c1类和C2类，C1类是猪舍内存在但猪舍外不存在的微生物，C2类是猪

7、舍外含量高于猪舍内的微生物，D类微生物是存在于粪便中而空气中未发现的微生物，E类是空气中存在但粪便中未发现的微生物，A类含OTUs149个，B类含OTUs1506个，C】类含OTUs132个，C2类含OTUs6689个，D类含OTUs969个，E类含OTUs436个。分析各类微生物结果显示：1、A类含OTUs149个，其中，能传播到10米的OTUs有149个，能传播到20米的OTUs有15个，能传播到50米的OTUs有1个，说明传播过程中微生物种类和浓度下降很快，鉴定到属的A类微生物有16种，其中被报道为病原微生物的有8种，只有Pr

8、evotella能传播到20米，没有能传播到50米处的病原微生物，说明猪场设计中卫生间距的保持是必要的，而且对于细菌性气源传万方数据染病，间距至少应在20米以上；在实验现场条件下，细菌性传染病隔离最好能保持50米以上的卫生安全间距。在