基于目标捕获和高通量测序检测耐药细菌的研究

《基于目标捕获和高通量测序检测耐药细菌的研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、R5公开分类号：____________密级：______________ＵＤＣ：____________单位代码：______________11646硕士学位论文论文题目：基于目标捕获和高通量测序检测耐药细菌的研究学号：_________________________1211101028姓名：_________________________陈梦婷内科学专业名称：_________________________医学院学院：_________________________蔡挺指导教师：_________________________论文提交

2、日期：2015年4月13日AThesisSubmittedtoNingboUniversityfortheMaster’sDegreeDetectionofDrug-resistantBacteriabasedonTargetCaptureandHigh-throughputSquencingCandidate：MengtingChenSupervisors：ProfessorTingCaiFacultyofmedicineNingboUniversityNingbo315211，ZhejiangP.R.CHINADate:2015/4/13独创性声

3、明本人郑重声明：所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写的研究成果，也不包含为获得宁波大学或其他教育机构的学位或证书所使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中做了明确的说明并表示了谢意。若有不实之处，本人愿意承担相关法律责任。签名：___________日期：____________关于论文使用授权的声明本人完全了解宁波大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留送交论文的复印件，允许论文被查阅和借阅；学校可以公布论文的

4、全部或部分内容，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文。（保密的论文在解密后应遵循此规定）签名：___________导师签名：___________日期：____________I基于目标捕获和高通量测序检测耐药细菌的研究基于目标捕获和高通量测序检测耐药细菌的研究摘要目的建立目标捕获和高通量测序相结合的方法，应用于临床耐药细菌的检测，达到同时获得菌株鉴定结果、耐药基因型及用于MLST分型的管家基因序列的目的，节约临床诊断的时间，综合分析本地区耐药基因的分布情况，为临床合理用药和进行流行病学监测提供科学依据。方法参考相关文献，选取大肠埃希菌常见的5

5、2种耐药基因，Genbank上下载耐药基因序列、大肠埃希菌16SrRNA基因序列及8个管家基因序列，序列交由美国Agilent公司设计合成适配于高通量测序仪的Sureselect目标捕获试剂盒。对临床收集的4株产ESBLs大肠埃希菌进行检测，建立目标捕获-高通量测序方法，并验证该方法的准确性和可重复性。应用目标捕获-高通量测序方法检测临床收集的22株产ESBLs大肠埃希菌，检测结果经BLAST比对，获得检测菌株的耐药基因型，结合药敏试验结果分析本地区大肠埃希菌的耐药特点；获得管家基因序列，使用Pasture软件进行MLST分型，分析菌株之间的流行病学

6、关系。结果（1）运用我们建立的目标捕获-高通量测序方法检测临床收集的4株产ESBLs大肠埃希菌，得到的16SrRNA基因序列经BLAST比对后证实为大肠埃希菌，与VITEK-2检测系统鉴定结果相一致。选取部分耐药基因采用PCR-Sanger测序，两者测序结果完全一致。运用该方法重复检测这4株菌株，两次得到的结果一致。（2）临床收集产ESBLs大肠埃希菌22株，运用所建立的目标捕获-高通量测序方法进行检测，得到的16SrRNA基因序列经BLAST比对后证实所有菌株为大肠埃希菌，与VITEK-2检测系统鉴定结果相一致。（3）得到的耐药基因序列经BLAST

7、比对，共得到24种耐药基因型。有20株检出8种ESBLs基因，其中CTX-M-14、CTX-M-55、CTX-M-15、CTX-M-27、CTX-M-65、SHV-12、OXA-1、OXA-10型的检出率分别为68.18%、45.45%、13.64%、4.55%、9.09%、18.18%、4.55%和4.55%。有3株检出AmpCII宁波大学硕士学位论文类耐药基因，均为DHA-1型。有20株检出6种氨基糖苷类药物耐药基因，其中aac(3)-II、aac(6’)-Ib、ant(3’’)-I、aph(3’)-I、aadA、rmtB型的检出率分别为63.6

8、3%、18.18%、13.64%、9.09%、31.82%和4.55%。有17株检出6种喹诺酮类药物耐药基因