基于xml的海洋天然产物数据库

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1、万方数据第j8卷第4期200】年7月28日计算机与鹰用化学Comput⋯ndAppIiedChcml8【ryVol18．No4Julv，2。0l基于XML的海洋天然产物数据库裴剑锋雷静彭涛周家驹(中国科学院化工冶金研究所计算机化学开放寅验室，北京100080)摘要：海洋天然产物数据庠(MNPD)中古有约8000种海洋天然产物的分子结构及其生物来源、生物活性、药效、物理化学参数和参考文献等信息，部分分子结构信息用cML表示。MNPD基于xML构建，MNPD和xML的集成更有利于M—PD数据库的管理、查'面j、web发布和数据交换，以及适应1．IN

2、PD未来的扩展。关■词：海洋；天然产物；xML；cML；数据库中围法分类号：P74：TP392文献标识码：A文章编号：100I．4160(2001)O}353．3卯UsillgXMLinⅡ地Mari耻NatllralPmductsDataba跎PElJian-fengLEIJingPENGTaoZHOUJia-ju(埘。删。吖矿c。唧眦r矾帆厶竹，肺豳腑qrmm划¨·自‰‘掣，．矾￡，l删血勘y矿＆娜倒，BeUlIlgJ00080)Abs“'ct：11】eM丑rineNat眦lProdlIc协Dalab唧(MNPD)co雎i8bofa110ut

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4、exIend．Keyw呲：n18rj时，nanⅡ叫p‘0ducb，XML，CML，山mbase1引言海洋中的各种生物约20余万种，是一个名符其实的资源宝库。由于海洋生物的生态环境与陆地生物通然不同，导致生物代谢过程的不同，因此海洋中的天然产物与陆地的天然产物具有很大差异，其中有大量结构独特的化合物。近二、三十年来，国际上海洋天然产物研究有很大发展，近15年来在海洋中发现的新结构的天然产物超过lo000个nj，且都是陆地上所没有的。这些产物大多有重要的生物活性，尤其表现在抗癌活性、抗真菌活性、对心血管作用的活性上。硅然，这样大面积的重要发现不仅对

5、发现生物体内的新调控系统，代谢机制等有重要科学意义．而且对研制开发新药有极大的潜力。我们实验室自2000年以来开始建立海洋天然产物数据库(MNPD)，目前MNPD已经存储r近8000种海洋天然产物的生物来源、分子结构、活性、药效、物理化学参数和参考文献等信息。我们期待MNPD能对海洋天然产物的深入研究和新药的开发设计提供一个有益的数据源泉。w3c于1998年2月发布xML【2o(extensibleMarkupLagu媚e)，可扩展标记语言推荐标准1．0版，其标准仍在进一步制定中。xML被设计作为可扩展、可移植、结构化的数据交换标准，正得到越来

6、越广泛地支持，发展极其迅速，目前已经成为电子数据交换、电子商务的一种基础性、支柱性技术，Micros曲的net计划的核心部分就是xML。xML将成为一种描述源信息语占的标准技术。xML是派生其他标记语言的元语言，通过定义D11D(D0cumentT，peDe6niti彻，文档类型定义)或Schema【引，不同专业可以开发与自己领域相关的标记语言，目前已成为w3c正式推荐标准的有MathML(数学标记语言)，sMII。(同步多媒体语言)，xHTML(可扩展超文本标记语言)等，cML【4Jo(化学标记语言)标准也正在制定中。收稿IJ期：200】一∞

7、一15：修I田日期：aof】l一03—25作着简介：蓑剑锋(1钾5一)，男，江西樟树人，博士研究生．计算机化学甘业，导师：周家驹。万方数据计算机与应用化学18卷基于xML的数据是自我描述的，这克服了传统web发布语言HTMI．无法描述数据内容的缺陷，使用xML，数据库将更容易与web集成，并能实现更有意义的搜索，用xML编码的数据将具有长期的保疽性，更能适应软硬件系统束来的升级和发展。甚至xML本身就是文档化的数据，具有数据库特征，可以对之直接进行数据操作(xML的标准查询语言xQL正在开发和标准化中)。通过xML，数据还可以粒状更新，一部分数

8、据的变化不会引起整个结构化数据的刷新。MNPD建立在xML的基础上，数据更容易整合、分割和更改；更容易在web上发布；更容易与外部进行数据交换；并更能