l02hbx细胞长链非编码rna的表达谱分析及初步生物信息学研究

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1、万方数据中图分类号UDCR512．6610博士学位论文学校代码lQ§三3密级公珏L02／HBx细胞长链非编码RNA的表达谱分析及初步生物信息学研究Analysisoflongnon—·codingRNAprof'desandpreliminarybioinformaticsstudyminaryDloIntOrmaticsStudyinL02／HBxcells作者姓名：学科专业：研究方向：学院(系、所)：指导教师：论文答辩日期型埠细±翅匡栩源临床医学内科学(感染病学)湘雅医院范学工教授答辩委员会主席滥中南大学2014年5月万方数据学位论文原创性声明本人郑重声明，所呈交的学位论文是本

2、人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了论文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中南大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我共同工作的同志对本研究所作的贡献均已在论文中作了明确的说明。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。作者签名：匝幽狸日期：兰丛L年上月生日学位论文版权使用授权书本学位论文作者和指导教师完全了解中南大学有关保留、使用学位论文的规定：即学校有权保留并向国家有关部门或机构送交学位论文的复印件和电子版；本人允许本学位论文被查阅和借阅；学校可以将本学位论文的全部或部分内容编

3、入有关数据库进行检索，可以采用复印、缩印或其它手段保存和汇编本学位论文。保密论文待解密后适应本声明。作者签名：幽逊：r，日期：丝!兰年』月立日导师签名万方数据L02／HBx细胞长链非编码RNA的表达谱分析及初步生物信息学研究，断—，-Wl7b摘要目的研究L02／HBx细胞与L02／peDNA3．O细胞的长链非编码RNA(1ncRNA)表达谱，对差异基因进行初步生物信息学分析。方法选取实验组L02／HBx，对照组转染空质粒的L02细胞(L02／peDNA3．O)作为实验对象，分别提取两组细胞的总RNA并纯化，检验RNA质量，反转录得到eDNA，并合成生物素标记的cRNA探针。利用In

4、cRNA芯片技术检测两组的lncRNAs和mRNAs表达谱的差异，经过对原始数据进行预处理、均一化后，筛选出差异表达的lncRNAs和mRNAs，进行统计学分析。分别选取上调的lncRNA4个：TCONS一00006195，ENSTooo00557524，NR一037597，ENST00000539975，下调的lncRNA3个：ENST00000508424，ENST00000447433，uc001lva．4，采用SYBRGREENI实时荧光定量聚合酶链反应(RT．PCR)在两细胞株中验证，并用GAPDH做内参。综合NCBIRefSeq，UCSC，RNAdb，lncRNAs等数

5、据库资源，对芯片结果进行GO，pathway初步生物信息学分析。结果1．将实验组和对照组lncRNAs表达量比较：其中2倍以上变化且差异有统计学意义(尸

6、5，表达下调的3IT万方数据个lncRNAs：ENST00000508424，ENST00000447433，uc0011va．4，和芯片结果基本吻合。3．GO(GeneOntology)分析显示，在差异表达的mRNA中，上调表达的有526个参与生物学进程，下调表达的680有个参与生物学进程；上调表达的有68个参与细胞组件，下调表达的有59个参与细胞组件；上调表达的有77个参与分子功能，下调表达的有86个参与分子功能。4．Pathways分析显示，在L02／HBx细胞中有52条通路(pathway)受上调的mRNAs调控，有2l条通路受下调的mRNAs调控。结论1．与对照组比较，L

7、02／Hx细胞株lncRNAs表达谱发生了显著变化。其中RT-PCR验证TCONS00006195，ENSTooo00557524，NR037597，ENSTooO00539975表达上调，ENST00000508424，ENSTOOo00447433，uc0011va．4表达下调。2．生物信息学初步分析L02／HBx细胞株中差异表达的mRNA涉及到L02／HBx细胞的生长、分化、凋亡以及整个细胞周期过程。涉及到的通路包括：信号传导途径、凋亡途径、细胞周期途径等。关键