变应性鼻炎相关的长链非编码rna表达谱分析

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1、万方数据中图分类号＆Z鱼主：22UDC610硕士学位论文学校代码!Q至三三密级公珏变应性鼻炎相关的长链非编码RNA表达谱分析Genome--WideAnalysisofLongNoncodingRNAExr。AllqR"RhinitisxpresstoninAllerRtcRhtnitiS作者姓名：学科专业：研究方向：学院(系、所)：指导教师：黄叶红临床医学耳鼻咽喉科学湘雅医院蒋卫红副教授论文答辩日期型塾堕：2寥答辩委员会主席燮兰∑中南大学二O一四年五月万方数据学位论文原创性声明本人郑重声明，所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了论文中

2、特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中南大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我共同工作的同志对本研究所作的贡献均已在论文中作了明确的说明。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担一切相关责任。作者签名：重-etj!兰日期：盟年堕月孚日学位论文版权使用授权书本学位论文作者和指导教师完全了解中南大学有关保留、使用学位论文的规定：即学校有权保留并向国家有关部门或机构送交学位论文的复印件和电子版；本人允许本学位论文被查阅和借阅；学校可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用复印、缩印或其它手段保存和汇

3、编本学位论文。保密论文待解密后适应本声明。作者签名：重型竺日期：且年堕月彳日导师签名牡日期：趟年』月』日万方数据本课题受以下基金资助：>科技部“十一五”国家科技支撑计划项目子项目(项目批准号：2004BA720A19．01)>湖南省自然科学基金(项目编号：llJJ4080)>湖南省科技厅项目(项目编号：2012RS4024)本研究在湘雅医院医学中心实验室及湘雅医院耳鼻咽喉科实验室完成，由湘雅医院医学中心实验室及湘雅医院耳鼻咽喉科实验室提供相关设备和技术支持。特此致谢!万方数据硕士学位论文中文摘要摘要变应性鼻炎相关的长链非编码RNA表达谱分析目的探讨长链非编码RNA(LongNo

4、ncodingRNA，lncRNA)在变应性鼻炎与正常鼻粘膜中是否存在表达差异，并筛选出差异显著的长链非编码RNA。方法1)分别提取变应性鼻炎和正常鼻粘膜组织总RNA，质量检测后合成双链cDNA，PCR扩增建立cDNA文库，用IlluminaHiSeqTM2000测序得到原始序列数据。运用软件Tophat、Cufflinks构建转录本。运用blast与non—codingRNA、kegg、nr、cog、swissprot等数据库比对，识别出已知的lncRNA和mRNA；利用CPC基于framefinder禾lblast进行SVM预测，得到预测的新的非编码RNA。2)运用RPKM

5、法分别计算IncRNA和mRNA表达量，基于差异倍数运用聚类分析筛选出多对样本均有差异表达的lncRNA禾ImRNA。3)qRT—PCR对部分差异表达的长链非编码RNA进行验证。4)运用关系式数据分析系统RDAS计算差异表达的lncRNA和所有mRNA的关联性，得到与差异表达的IncRNA共表达的mRNA。5)运用数据库KEGG、BioCarta对共表达的mRNA进行Pathway分析，得到共表达的mRNA参与的生物学途径。结合生物学途径结果和关联性结果了解lncRNA的调控作用。万方数据硕士学位论文中文摘要结果1)本研究首次应用RNA—Seq测序技术得到变应性鼻炎和正常鼻粘膜

6、的lncRNA表达谱和111】}ⅢA表达谱。2)3对样本中均有差异表达的lncRNA共173种，120种上调，53种下调；已知的lncRNA63种，49种上调，14种下调；新的lncRNA110个，71种上调，39种下调。3对样本中均有差异表达的mRNA共437种，其中365种高表达，72种低表达。3)经qRT—PCR验证长链非编码RNANONHSAT250987、NONHSATl76469、NONHSAT309646、NONHSATl40585、NONHSAT201926表达呈下调趋势；长链非编码RNANONHSAT26156、NONHSAT292828、NONHSAT312

7、751、NONHSATl57109表达呈上调趋势；结果与RNA．seq预测结果相一致。4)关联性分析得到与85种差异表达的lncRNA共表达的rnRNA，共379种。5)经Pathway分析得到共表达的mRNA的17条生物学途径。结论变应性鼻炎患者鼻粘膜lncRNA的表达与正常鼻粘膜比较存在显著性差异。图8幅，表1张，参考文献81篇关键词：变应性鼻炎；RNA—seq测序；长链非编码RNA；pathway分析分类号：R765．22万方数据硕士学位论文英文摘要Genome--WideAnalys