基于结构的肽脱甲酰基酶抑制剂的虚拟筛选及活性研究(1)

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1、万方数据中国抗生素杂志2012年1月第37卷第1期文章编号：1001．8689(2012)Ol-0027一05基于结构的肽脱甲酰基酶抑制剂的虚拟筛选及活性研究董国霞t，z姜威z司书毅：易红z张月琴z，’(1中国食品药品检定研究院，北京100050；2中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所，北京100050)摘要：目的通过计算机虚拟筛选寻找肽脱甲酰基酶(P印tidedefbmlylase，PDF)的小分子抑制剂。方法从PDB(ProteinDataBank)数据库中获得与肠球菌(E玎蛔臼ccD淞向8cf“m)PDF序列相似性最高的肺炎链球菌PDF的x。射线衍

2、射晶体结构，应用Sybyl7．3软件中的Surflex．Dock对我室微生物天然产物数据库(MicrobialNan珊lProductsDatab嬲e，MNPD)中约15000个样品进行虚拟筛选：采用高通量荧光检测法和微稀释法分别测定虚拟筛选获得的部分高得分化合物对PDF酶的抑制作用和抗菌活性。结果应用surnex—Dock虚拟筛选获得得分达5．17及以上的命中化合物651个，经综合分析，挑选出其中5个化合物进行进一步的体外生物学活性研究，结果表明，1个化合物(spe嬉ualin)有一定的PDF抑制活性和抗菌活性，其它4个化合物仅有弱活性或无活性。结论发现化合物s

3、per911alin具有一定的PDF抑制活性和抗耐药表皮葡萄球菌活性。证实了计算机虚拟筛选与实物筛选相结合可明显提高PDF酶抑制剂的筛选效率。关键词：肽脱甲酰基酶；虚拟筛选；分子对接；抑酶活性；抗菌活性中图分类号：R978．1文献标识码：AStructure-basedVirtualscreeningofpeptidedef．ormylaseinhibitorsandbiologicaIactiVi坶researchDongGuo-xial，_，Jiangwei2，siShu—yi2，YiHon于蛐dzhangYue-q砰(1NationalInstitIltes

4、forFoodandDn坞Con自rol，Beijing100050；2InstituteofMedicinalBiotecll芏10lo鼢chineseAcademyofMedicalsciences&PekingUnionMedicalcollodge，Beij吨l00050)AbstractobiectiveTbdiscoverpeptidedefomlylase(PDF)inhibitorsbyS仃Ilctllre-b勰edvirtllalscreeniIlg．MethodsPDFX—raydifrractioncrystalstmctureofstrep

5、tococcuspne啪oniae，whichhadthehighestsimilari够withEn把阳ccD淞励Pcf“mPDFinknowncrystalstmcture，wasobtainedf．romProteinDataBank．S仃ucture-basedvinualscreeningof15000compounds舶mMicrobialNanmlProductsD撕base(^彻D)w私pe】渤咖edbysumex-dockofSvbvl7．3software．SomeofhighscorecompoundswerepickouttodetemiI

6、letheirinhibitiveactivi锣onPDFandantibacterialactivitiesbyhigh一衄oughputfluorescencedetectionandmicrodiⅫonr唧∞tively．Results651compoundswithscore5．17andoveritwererankedthrou曲surnex-dockvirtualscreening．Among也em，5compoundswereselectedforbiologicalactivedetection．Theresultsshowedthatspefgu

7、alinhadinhibitiveactivit)ronPDFandantibacterialactivityandother4compoundswithweakornoactivi何ConclusionTheinhibitiveactivityonPDFandanti．MRSEaCtivi田ofspergualinwasdiscovered．ThecombinationofvinIlaIscreeningandentityscreeningcanimprovesignmcantlye伍ciencyofPDFiIlhibitorsdiscove珥KevwordsP

8、eptid