寻常型银屑病皮损组织全基因组dna甲基化研究

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1、分类号VDC——博士学位论文寻常型银屑病皮损组织全基因组DNA甲基化研究密级StudyonWhole--genomeDNAMethylationinSkinLesionsfromPatientswithPsoriasisVulgaris作者姓名：张鹏学科专7业：皮肤病与性病学学院(系、所)：湘雅二医院指导教师：陆前进教授论文答辩日期2兰兰!!二厂。答辩委员会主席中南大学二O一二年五月原创性声明本人声明，所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了论文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其

2、他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中南大学或其他单位的学位或证书而使用过的材料。与我共同工作的同志对本研究所作的贡献均己在论文中作了明确的说明。作者签名：日期：型!!年j二月2竖日学位论文版权使用授权书本人了解中南大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留学位论文并根据国家或湖南省有关部门规定送交学位论文，允许学位论文被查阅和借阅；学校可以公布学位论文的全部或部分内容，可以采用复印、缩印或其它手段保存学位论文。同时授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》，并通过网络向社会公众提供

3、信息服务。作者签名：i垒盥导师签名迎兰!二二日期：2业年羔月盛日博士学位论文中文摘要摘要银屑病(psoriasis)是一种临床上常见的慢性复发性炎症性皮肤病，难以彻底治愈。其中，寻常型银屑病(psoriasisvulgaris)是银屑病中最常见的一种临床类型，主要发病人群为青壮年，并且皮损主要分布于肢体的暴露部位，如头皮、四肢伸侧等，影响患者的仪表形象，造成严重的心理负担。因而，有关银屑病的病因及发病机制研究一直是皮肤科领域的热点和难点之一。到目前为止，银屑病的病因、发病机制仍为阐明。目前的共识认为，银屑病是具有遗传易感性的个体

4、在内、外环境因素的影响下，由T淋巴细胞介导的一种自身免疫性疾病。研究发现，表观遗传调控机制在系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病中发挥着重要的作用，但有关银屑病的表观遗传调控研究报道较少。我们的课题组在先前的研究中发现DNA甲基化在寻常型银屑病外周血单一核细胞(PBMCs)和皮损组织中发生异常改变，这表明DNA甲基化可能是参与寻常型银屑病发病的重要发病机制之一。DNA甲基化(DNAmethylation)是发现最早、研究最多的表观遗传调控机制之一，作为DNA的一种天然修饰方式广泛存在于各种生物体内。DNA甲基化是指DNA胞嘧啶第5位碳

5、原子在DNA甲基化转移酶(DNAmethyltransferases，DNMTs)的催化作用下，发生甲基(-CH3)修饰，形成5．甲基胞嘧啶(5．mC)的化学修饰过程。在本研究受国家重点基础研究发展计划(973计划)(2009CB825605)资助T博士学位论文中文摘要整个基因组中，CG富集的区域称为CpG岛，通常以非甲基化形式存在于基因启动子区域(promoterregion)内。一般来说，当某个基因发生DNA甲基化修饰后可导致该基因的表达沉默，而低甲基化(hypomethylation)则能够促使该基因的表达增强。1977年

6、，第一代测序技术——Sanger测序问世，并在之后的30年间成为应用最广泛的测序技术。2005年，以高通量、低成本为特点的第二代测序技术愈发成熟并形成商业化的规模。第二代测序技术(nextgenerationsequencing，NGS)最显着的特征是高通量，即一次可以对几十万、甚至几百万条DNA分子序列进行测序，能够在短时间内完成一个物种的基因组深度测序，使细致、全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deepsequencing)oMeDIP-seq(MethylatedDNAImmunoprecipitationsequ

7、encing)是通过5’．甲基胞嘧啶抗体与甲基化DNA发生免疫共沉淀反应，特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段，再结合NGS技术，从而快速、高效地寻找出基因组中发生甲基化改变的区域，用以比较不同细胞、组织、疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。因此，本课题拟通过对寻常型银屑病患者皮损区、非皮损区及正常人的皮肤组织进行全基因组DNA甲基化测序，以全面揭示甲基化改变在银屑病的发生、发展中所发挥的作用，进一步全面揭示DNA甲基化在银屑病的发病机制中的作用，填补相关研究领域的空白。II博士学位论文中文摘要第一部分寻常型银屑病患者皮

8、损组织和非皮损组织DNA甲基化谱第一节寻常型银屑病患者皮损组织和非皮损组织DNA甲基化测序目的研究寻常型银屑病患者皮损组织、非皮损组织及正常健康对照者皮肤组织全基因组DNA甲基化状态，探讨DNA甲基化在寻常型银屑病发病中的作用和机制。方法提取4例寻常型银屑病患者