microrna相关单核苷酸多态性与原发性肝癌遗传易感性研究

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1、郑州大学硕士学位论文MicroRNA相关单核苷酸多态性与原发性肝癌遗传易感性研究姓名：李玉春申请学位级别：硕士专业：流行病与卫生统计学指导教师：张建营201204中文摘要MicroRNA相关单核苷酸多态性与原发性肝癌遗传易感性研究原发性肝癌是世界范围内的常见恶性肿瘤之一，其发病原因不仅与环境暴露因素有关，同时个体的遗传易感性也在其中起到了重要作用。近几年来，科研人员发现了一种新的基因表达调控机制，即microRNA介导的转录后调控。该调控机制的核心内容是microRNA种子区与相关基因mRNA上靶序列的Waston-C

2、rick碱基配对识别，该种识别能够引起mRNA全部或者部分的翻译抑制。MicroRNA调控网路中的SNPs主要包括以下三个部分：调控microRNA成熟的通路基因SNPs、microRNA基因自身的SNPs以及microRNA靶序列SNPs。MicroRNA调控网络中的SNPs可以影响成熟microRNA的表达水平、结构及其与靶基因的识别等方面，这种microRNA调控网络中发生的异常，最终能够影响目的基因的表达和功能实现，从而改变个体的肿瘤易感性。在总结相关生物信息学资料的基础上，结合中国人群特点，本研究选取了12个

3、microRNA调控网路中的SNPs，通过频数匹配的病例对照研究，采用聚合酶链反应．限制性片段长度多态性(PCR．RFLP)和等位基因特异PCR(AS．PCR)技术对这12个多态性位点进行检测，比较基因型频率在原发性肝癌患者和正常对照之间的分布差异，探讨影响河南汉族人群原发性肝癌发病的基因型、单体型以及基因．环境交互作用项，从而为原发性肝癌病因学研究和个体化防治提供思路。目的I．研究调控microRNA成熟的通路基因标签SNPs，具体包括DICERI基因rs3742330，RAN基因rsl4035和rs3803012，

4、GEMIN4基因rs7813、rsl045491、rs2291778、rs2740348和rs374474l位点及其与原发性肝癌遗传易感性的关联，并推测其可能的作用机制。2．研究microRNA前体SNPs，具体包括pre．miR．146ars2910164和prc-miR．196a2rsl1614913位点及其与原发性肝癌遗传易感性的关联，并推测其中文摘要可能的作用机制。3．研究mieroRNA靶序列SNPs，具体包括ILl6基因rsll31445位点和NOD2基因rs3135500位点及其与原发性肝癌遗传易感性的关

5、联，并推测其可能的作用机制。4．对上述SNPs进行部分和整体联合分析，探讨影响原发性肝癌发病的基因型、单体型以及基因．环境交互作用。方法调控microRNA成熟的通路基因标签SNFs的选取：由HapMap(http／／www．hapmap．org)数据库获得中国人群(CHB)DICERl、RAN及GEMIN4基因的SNPs信息，将数据导入Haploview4．2软件运行，按照如下标准选取标签SNPs：r2>0．8，最小等位基因频率(minorallelefrequency,MAF)设置为O．05。采用连锁不平衡值(D’

6、值)置信区间法，将D’值95％CI在0．70—0．98的相邻SNP归入同一个单体型块。从DICERl基因中筛选出1个标签SNPsrs3742330位点；从RAN基因中筛选出2个标签SNPs，GEMIN4基因中筛选出5个标签SNPs，rs2740348和rs3744741位点。分别为rsl4035和rs3803012位点；从分别为rs7813，rsl045491，rs2291778，MicroRNA前体SNPs的选取：pre-miR．146ars2910164及pre．miR·196a2rsl1614913主要通过文献回

7、顾选取。MicroRNA靶序列SNPs的选取：首先通过文献回顾，总结肝癌特征所涉及到的96个易感基因，然后在NCBI数据库中下载96个基因3’非翻译区(3·untranslatedregion,3’UTR)的SNPs，利用miRanda、PieTar、TargetSeans和RNAfoldwebs髓'ver网站预测这些SNPs的microRNA靶标和自由能，以与“种子”序列严格碱基互补配对的位点作为候选microRNA靶位点，最终在这些基因里找到lO个SNPs存在于潜在的miRNA靶位点中，挑选与肝癌关系密切，MAF>

8、0．05且结合自由能值(AAG)相对较大的2个位点进行实验验证，分别是ILl6基因的rsll31445和NOD2基因的rs3135500位点。采用频数匹配的病例对照研究方法选取河南汉族560例原发性肝癌患者和560例正常对照，分别采用聚合酶链反应．限制性片段长度多态性(PCR．RFLP)和等位基因特异PCR(AS．PCR)技术对上