单核苷酸多态性与肝细胞癌遗传易感性研究进展

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1、单核苷酸多态性与肝细胞癌遗传易感性研究进展作者：谢峰，徐峰，黄杨卿，杨甲梅【关键词】单核苷酸多态性　　原发性肝细胞性肝癌（简称肝癌，HCC)是我国乃至世界上常见，且具有危害性的恶性肿瘤之一。我国每年新发病例约占全球45%，在恶性肿瘤的年死亡率分别占农村和城市恶性肿瘤死亡率的第一和第二位，严重危害劳动人民的健康与生命。尽管随着各种新技术、新疗法的出现和诊疗水平的提高，肝癌的疗效有了很大的改善，但我国肝癌年死亡率仍高达20.40/10万，约占全世界肝癌死亡率的1/2。目前的研究认为：肝癌和其他恶性肿瘤一样，其发生和发展是多因素参与的复杂过程。单核苷

2、酸多态性（singlenucleotidepolymorphisms,SNP)是指基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性，在人群中的发生频率大于1%［1］，包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入或缺失等表现形式。它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上。SNP是人种之间、个体之间差异的遗传物质基础之一，包括对恶性肿瘤等复杂疾病的易感性差异。141SNP的特点SNP作为一种遗传标记得到广泛应用，主要源于以下几个特性：（1)密度高：SNP在人类基因组平均密度估计为500～1000bp，在整个基因组的分布达3000

3、000以上，遗传距离为2～3cm，其密度比微卫星标记高出几个数量级，可以在任何待研究基因的内部或附近提供一系列标记。（2)代表性：某些SNP可能在转录、翻译、拼接以及RNA稳定性等方面发挥重要作用，而某些位于基因内部的SNP有可能直接影响蛋白质结构或者表达水平，因此它们可能代表疾病遗传机制中的某些作用因素。（3)遗传稳定性：SNP来源于数千年前发生的突变，随着人类世代繁衍稳定地遗传至今，和微卫星等重复序列多态标记相比，SNP具有更高的遗传稳定性。（4)易测定性：通常SNP都是二等位多态性，又称双等位基因标记［2］（biallelicmarker

4、)，检测时能通过简单的“+/-”进行基因分型，而无需进行基因片段长度的分析，所以SNP的检测分析可以实现自动化。具备以上优点，SNP被认为是第3代分子遗传标记。2SNP用于肿瘤遗传易感性研究的理论基础14SNP研究的理论基础是等位基因关联，它是指疾病性状的标记等位基因发生率的显著性改变（增加或降低)，它代表与疾病性状（表现型)相关的等位基因在随机发生中的偏差。当一遗传标记的频率在患者中明显超过非患者时，即表明该标记与疾病相关。1997年Collins等提出了“常见疾病，常见变异”（commondisease,commonbariant,CD-C

5、V)的假说，认为常见疾病的易患性是由于人群中某些位点，特别是在基因编码区或调控区的常见变异引起的。因此在某一恶性肿瘤人群和正常对照人群中进行SNP对比研究，可以确定SNP位点和（或)其邻近变异与肿瘤发病风险的关系，因而可应用于肿瘤遗传易感性的研究。2001年，SNP协会（TheSNPConsortium)构建了含1.42×106个SNP、密度达1个SNP/1.9kb的人类遗传因谱［3］，这对开展致病基因定位的研究非常重要。据估计，大约有105个SNP分子标记将被用于基因功能及与疾病的相关性的关联研究［4］。3目前SNP与肝细胞癌遗传易感性研究情

6、况药物代谢酶中的GSTM1、GSTT1、NAT2、CYP2E1等基因多态与肝癌易感性有关。葡萄糖醛酸转移酶（UDP-glucuronosyltransferase,UGT)是参与外源性化合物体内生物转化Ⅱ14相反应最重要的解毒酶。肝癌的重要环境因素AFB1在体内经过活化后的代谢产物，大部分是以葡萄糖醛酸结合的酚盐形式排出体外。其编码基因UGT1F已被克隆。刘茶珍等［5］对84例肝癌患者的癌周肝组织和144例健康对照的外周血进行的UGT1F基因的多态性进行了研究。结果在第1外显子和第2内含子发现3个新的单核苷酸多态。即第232位核苷酸T-G颠换，

7、第528位核苷酸A-G转换和第376位核苷酸A-G转换。另外，754位点多态在的研究中得到了证实。分析病例组和对照组4个位点等位基因及基因型频率的分布，病例组UGTIF754位点G/G基因型频率（13.10)和G等位基因频率（29.17)均显著高于对照组（2.78和19.44)。其他位点，两组差异无显著性。认为UGTIF基因的第2～5外显子高度保守，而第1外显子则呈高度多态。其754位点多态可能与肝癌有关。对84例肝癌患者和144例健康对照CYP3A4基因的多态性进行了研究。结果通过对CYP3A4基因10个外显子的检测，发现2例肝癌患者的第7外

8、显子第15742位核苷酸发生了A-G转换，使得第183位氨基酸残基由天冬酰胺转变为丝氨酸；发现第10内含子存在一单核苷酸多态，表现第20338位核苷酸