snp标记开发及海陆遗传连锁图谱构建

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1、独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得新疆农业大学或其他教育单位的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：时间：年月日关于学位论文使用授权的说明本人完全了解新疆农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：新疆农业大学有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子文档，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文，允许

2、论文被查阅和借阅。本人授权新疆农业大学将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以公布(包括刊登)论文的全部或部分内容。(保密的学位论文在解密后应遵守此协议)研究生签名：时间：年月日导师签名：时间：年月本文是国家863项目“高产优质多抗棉花分子育种与品种创制”的部分研究成果（项目编号：2012AA101108）课题主持人：曲延英教授（新疆农业大学）SNP标记的开发及海陆遗传连锁图谱的构建摘要分子标记技术辅助育种是一种较为快速、准确的育种方法，其技术关键是构建饱和的连锁图谱。目前已经构建的海岛棉、陆地棉种间的遗传图谱主要包含SSR标记，覆盖度相

3、对较低，定位出的产量和品质性状等QTL的数量较少、还不够准确，因此需要开发新的标记，不断加密连锁遗传图谱。目前SNP标记的开发和应用，对加密棉花遗传图谱无疑会有很大意义。本试验通过对新海21和新陆中36进行SSR和SNP分子标记引物筛选，使用筛选出的引物对两个F2群体进行PCR扩增，构建遗传连锁图谱，本研究的主要结果如下：1.构建新海21为母本的AL12群体，新陆中36为母本的BH12群体，两个F2群体的田间农艺性状，在株高和始节高方面均表现出超亲遗传，但是在结铃率方面群体均数小于亲本，AL12群体比BH12群体单株田间长势的变异范围较大。2．根据深圳

4、华大基因已组装的转录本做为参考，分别将前期2个转录组测序样品比对到参考基因，通过SOAPsnp检测样品的单核苷酸多态性。从预测的SNP位点选取单碱基SNP位点38，新海21的SNP位点20个，新陆中36的SNP位点18个；根据在线tetra-primerARMS-PCR设计出66组引物，在群体中扩增出11组引物，9个SNP位点。根据温迪-哈博格平衡定律，11组SNP分型的结果可以做为分子标记。3.本试验共选择了864对SSR引物对两个亲本进行筛选，共筛选出79对多态性引物，占总数的9.1%。在群体中筛选得到的69对SSR引物和11组SNP引物对F2群体

5、扩增出来的多态性标记进行遗传连锁分析，构建了包括90个标记位点的遗传连锁图和30个连锁群，标记间的平均距离为55.9cM，全长为3135.84cM，覆盖棉花基因组的62.71%。关键词：棉花；纤维品质；杂交；单核苷酸多态性；连锁图谱；IThedevelopmentofSNPmarkerandtheconstructionofgeneticlinkagemapoftheseaislandanduplandcottonAbstractIt’safastandaccuratewaytouseDNAmolecularmarkersassistbreeding,

6、andit’simportanttobuildasaturationlinkagemap.Theseaislandcottonanduplandcottongeneticmaphasbeenbuiltatpresent,suchasSSRmarkers,whichhasarelativelylowcoverageandlocalizesmallnumberofyieldandqualitytraitsQTLandnotaccurate,soit′snecessarytoexploitanaccuratelocationpositioning.While

7、thedevelopmentandtheapplicationofSNPmarkerwillundoubtedlygreatlyincreasethedensityofcottongeneticmap.ThisexperimentbasedonscreeningmarkedprimerofXinhai21andXinluzhong36bySSRandSNP,usingthescreenedprimerstoPCRamplificationtheF2populationsandconstructedthegeneticlinkagemap.Themain

8、resultsofthisstudyareasfollows:1.TheF2agronomic