玉米与大刍草indel标记的开发及遗传连锁图谱的构建

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1、万方数据SichuanAgriculturalUniversityMasterDissertationThedevelopmentofmaizeandteosinteInDelmarkersandgeneticlinkagemapconstructionBvrHtlkun(MajorCropGeneticsandBreeding)DirectedbyProfessorRongTingzhao—一·一ResearchAssociateLiuJianMay，2014论文判峥明㈣万方数据本人郑重声明：所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行研究工作所取得的成

2、果。尽我所知，除了文巾特别加以标滓和致谢的地方外，学位论文中不包含其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也1i包含为获得四川农业大学或其它教育机构的学位或证书所使用过的材料。与我一同工作的同志对木研究所做的任何贡献均已在论文巾作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：胡叶阳降占月／岁日关于论文使用授权的声明本人完全J，解【川川I农业大学有关保留、使用学位沦文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印fl：弄u电子版，允许论文被垒阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意四川I农业大学可以用小同方式在不同媒体

3、上发表、传播学位论文的全部或部分内容。a本论文不保密。口本论文保密，在一年解密后适用本授权。(请在以上口内划“√”)研究生繇老同叶别雅钮痂／翌∥Mf．名，汐／悻舌月加心年6月日，7多，f，rf万方数据摘要玉米是主要的粮食和饲料作物之一，也是重要的工业原料，目前己成为我国第一大粮食作物。但我国玉米育种的种质资源相对狭窄，限制了我国玉米育种的发展。利用大刍草与玉米进行远缘杂交是拓宽种质资源的有效途径。常规的回交转育周期长、效率低，采用分子标记辅助选育能提高选育的效率。本研究利用344份玉米和19份大刍草的基因组数据开发大刍草与玉米群体间的InDel标记，并

4、对开发的InDel标记的差异和位点进行验证；同时以玉米自交系云白12和尼加拉瓜大刍草Y171的F2群体为研究对象，利用SNP标记进行高密度遗传连锁图谱的构建。以期为大刍草优异基因资源的利用提供帮助。本研究的主要结果如下：1．在19份大刍草材料重测序数据中，总共有1940599752条reads，平均长度79bp，具有多态性的引物总共个数为287480，多态率为15．17。等位基因数的范围是2．19在基因组不同区域中分布基本一致。但在CDS区域中具有2个等位基因数分布高于其它区域，占86．79％。在玉米和大刍草群体中PIC值同时小于等于0．5，且玉米和大

5、刍草主等位基因问长度差异大于等于3bp的InDel标记，总共有13476个标记。随机选择i00对引物进行实验验证。100对InDel标记中有92对在15份大刍草内能得到扩增产物，比例为92％，100对InDel标记中有93对在15份玉米自交系中内能得到扩增产物，比例为93％，在玉米和大刍草中能共同得到扩增产物的InDel标记有92对，其中在大刍草群体内存在差异的标记占有扩增产物的标记的92．3％，在玉米群体内存在差异的标记占有扩增产物标记的76．3％，在15份玉米和15份大刍草之间，存在差异的InDel标记为85个，占总InDel标记个数的84．2％。

6、2．利用3072个SNPs标记，对云白12和尼加拉瓜大刍草Y171的F2群体163个单株进行遗传作图。3072个分子标记中，具有多态性标记1002个，其中构建入连锁图谱的的标记593个，标记分布最多的是第8染色体，有81个标记，占构建遗传图谱的标记总个数的13．6％，标记个数最少的是第10染色体，32个标记，占构建遗传图谱的标记总个数的5％，覆盖玉米基因组10条染色体全长2225．2cM，平均间距为3．8cM的遗传图谱，连锁图谱最长的是第l染色体，全长为315．8cM，最短的是第10染色体，为107，1cM，平均图距最大为第7染色体为5．4cM，最小的

7、为第4染色体为2．3cM。万方数据3．从1002个多态性SNP标记中，筛选出763个标记进行偏分离分析。当P<0．01时，有343个标记发生偏分离，比例为44．9％，当P<0．05时有500个标记发生偏分离，比例为65．5％。在500个偏分离的SNP标记中，363个偏向母本云白12，占偏分离标记总数的72．6％，偏向父本Y171偏分离的最少，49个，占总体偏分离的9．8％，偏向杂合体有88个，占偏分离标记总数的17．6％。在10条染色体上都发生了偏分离，但是分布的数量和偏分离的方向不一致，除了第7、9、10染色体的标记外，偏分离主要偏向于云白12的基因

8、型，偏向Y171基因型最多的是第7染色体，共40个，占偏向Y171基因型全部标记的81．6％，