应用基因芯片技术检测乳腺导管与小叶组织的基因表达差异

《应用基因芯片技术检测乳腺导管与小叶组织的基因表达差异》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、广州医学院硕士学位论文应用基因芯片技术检测乳腺导管与小叶组织的基因表达差异应用基因芯片技术检测乳腺导管与小叶组织的基因表达差异硕士研究生：于海静导师：王颀教授中文摘要研究目的本次研究旨在通过组织提取RNA，应用基因芯片技术检测以验证乳腺导管与小叶组织的基因表达差异，研究其与乳腺癌发生发展的关系，从而为乳腺癌的基因研究提供基础数据。材料与方法1.在2011-01至2011-06期间，收集广州医学院附属广东省妇女儿童医院乳腺科手术中经病理证实乳腺良性疾病的8份正常乳腺导管组织和8份小叶组织标本。上述组织标本均经术中和术后病理检查确诊。所有标本用RNAlater液

2、保存并于-80℃低温保存备用。2.本研究采用Agilent公司包含3.5万个全人类基因组表达谱芯片，检测8对乳腺导管组织和小叶组织的差异表达基因，按照至少在4个样本中信号值大于800为表达有意义，筛选出有表达的基因。应用芯片差异显著性分析(significanceanalysisofmicroarray,SAM)软件对有表达的基因进行差异表达分析，初步获得差异表达基因；利用扫描仪扫描芯片，Featureextraction软件数据提取,将数据导入AgilentgenespringGX软件分析数据.，筛选出在乳腺导管组织和小叶组织差异表达的基因，并根据Gene

3、ontology分类体系初步对得出的差异表达基因进行功能分类,并对这部分基因进行生物信息学分析。1广州医学院硕士学位论文应用基因芯片技术检测乳腺导管与小叶组织的基因表达差异3.利用qRT-PCR技术对随机选取的差异表达基因进行验证。4.分析差异表达基因与目前发表的乳腺癌发生发展相关基因的关系。结果1.全基因组表达谱芯片检测人类正常乳腺导管与小叶组织的基因表达差异本研究按照至少在8个样本中信号值大于800为表达有意义，筛选出有表达的基因7862个。应用芯片差异显著性分析(significanceanalysisofmicroarray,SAM)软件,按差异倍数

4、值≥2.0倍，Pvalue≤0.5倍为差异显著性标准，对有表达的基因进行差异表达分析，筛选8对标本的差异表达基因共426个，其中下调基因有240个（56.3%），上调基因186个（43.7%），通过聚类分析表明，上述这些差异表达的基因能够很明显的区分乳腺导管组织和小叶组织。GO：term显著富集度分析426个显著差异表达基因分别参与多种不同的重要生物学进程。2.qRT-PCR验证为进一步验证基因微阵列的结果，我们随机选取17个乳腺导管和小叶差异表达的基因进行qRT-PCR验证。备选的基因包括：ADIPOQ,ADORA2B,BMP7,CA4,CCL19,ITG

5、B3,CCL21,CEL,ECSCR,FABP4,LOX,S100A8,HSD11B2,LAMA1,LILRB3,S100A9和WNT5A。乳腺导管和小叶组织的每个差异基因的平均表达率都应用基因芯片检测时的同一批标本进行验证。选取的17个基因经qRT-PCR验证的差异倍数与基因芯片验证结果是一致的，证实乳腺导管组织和小叶组织存在显著的基因表达差异。结论基因芯片是一高效、可靠的筛选组织差异表达基因的方法，本研究是国内外首次通过对基因芯片的有效应用，运用人类全基因组表达谱分析发现乳腺导管组织与小叶组织间的基因表达差异，为乳腺癌发生发展的研究提供了基础数据，并为未

6、来的研究中不同组织结构的基因表达差异对疾病的影响提供参考。关键词：乳腺导管；小叶；芯片；基因表达；2广州医学院硕士学位论文应用基因芯片技术检测乳腺导管与小叶组织的基因表达差异Microarray-basedexpressionprofilesrevealmolecularcharacterizationofbreastductandlobuleAbstractObjective:ThisstudyaimstoextractRNAfromtissuesandtoverifythedifferentgeneexpressionsbetweenbreastduct

7、andlobulestructurebyusingmicroarray.Todiscusstherelationshipbetweenthesedifferentgeneexpressionsandthedevelopmentofbreastcancerandprovidebasicdataforgeneresearchofbreastcancer.Materialsandmethods1.Clinicalspecimencollection:During2011Janto2011Jun,select8benignbreastcancerpatientswi

8、thnippledischargerequireds