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1、SMRT技术于微生物全长16SrRNA测序应用16SrRNA基因是原核牛物所特有的基因，并H在原核牛物中具有极高的拷贝数。全长1542nt的DNA序列包含9个间隔的高变区，兼具特异性和保守性的16SrRNA基因序列作为微生物标记被广泛应用于研究屮。相比DNA探针、变性梯度凝胶电泳和Sanger测序等方法，高通量测序技术在16SrRNA基因序列研究中体现出极大的优势。以Roche,Illumina等为代表的第二代测序技术将16SrRNA基因测序的通量大幅提高，为研究者提供对特定环境微牛物进行全面分析的可能。冃前，第二代
2、测序技术已经成为环境微生物研究的主流手段。但是，第二代测序技术在16SrR7A基因测序屮存在的缺陷也不可忽视一一测序片段短。第二代测序平台中，测序片段最长的是Roche公司开发的454GSFLX+测序仪，其测序片段长度仅为700bp0过短的测序片段使得研究人员在微生物16SrRNA基因测序屮，只能选择部分高变区进行研究，这对研究结果的准确性有较人影响。目前PacBio测序仪的测序长度可达到20000bp,这为基于16SrRNA基因测序的微生物研究提供更好的选择。本文将为大家总结PacBio的SMRT测序技术在全长16
3、SrRNA的成功应用，最后提岀目前存在的问题和可能的解决方案，以期为研究人员采用SMRT测序技术研究微生物16SrRNA基因提供参考。利用Pacbio全长16S扩增子测序评估婴儿配方食品安全性研究方法对30个婴儿奶粉样品（12份国产，18份进口）进行PacBio全长16S扩增子测序，测序平台:PacBioRSII,试剂：P6C4。结果分析1,微生物多样性及相对丰度分析1相对丰廣分俯本硏究共親*145.057录16SrRNAlQff列・童定出25个细茁门・322个588个细困种・興中•优为葬炳療朗的场丼AS(Strep
4、tococcusthen»ophilu5»20.59X),(lactococcusLactic19.18X)>Loctococcuspisciuv<16.04X)•“种”水平的微生物多样性分析及相对丰度（相对丰度＞1%）1,国产和进口奶粉的优势菌株存在差异mrouppcnqlp«0SpecieslevelotnrSpeciesAdnWobMferteumannfiPwudomwfngiSaXusg/emisBkiUus^maLjsinib^Kushsihrnkbdo6«A/sheM«ca$Aioxyt>JdtesAi
5、wthenwsUMbxJhi^lbwcMLiCcDCOCCVSr^ncGcusZnM/tMdTusne$Unbolwi$fiiofi/sctreasbdococutspisciumUctococcirstoctrsSnptocoa”thtrmophrfusWWW歼M&WWWZWggQdkya_八八>■FMiOl012iBDinifi口2群进口3屏SQ4CI国产配方奶粉以Lactococcuspiscium（21.78%）和Lactococcuslactis{l.16%）为主。分析进口婴儿配方奶粉的优势菌株，1群以S
6、treptococcusthcrmoph17us（65.55%）为主，4群以Lactococcuspisciui畑.04%）为主，2群和3群以Streptococcusthermophilus^Lactococcus1actis和Lactococcuspiscium为主。30个样本“种”水平的微生物丰度3,预热处理和杆菌相对含量之间的关系通过乳清蛋白氮指数(wheyproteinnitrogenindex,WPNI)可检测乳品中乳清蛋白的变性度，反应乳品的热处理程度。本研究将样品微生物群落"属〃水平上的相对丰度结合W
7、PNI进行分析，结果表明，预热处理的温度与芽砲杆属(Bacillussp.)丰度负相关，与链球菌属(Streptococcussp.)和乳酸菌属(Lactobacillussp.)正相关。利用Pacbio全长16S扩增子测序于健康奶牛与乳房炎奶牛肠道菌群定量与宏基因组研究牛场管理、病原菌感染和奶牛体质等因素都可能造成奶牛乳房炎(体温升高,乳房红肿痛，体细胞数(SCC)升高，牛乳呈棕黄色，味浆)，导致巨额经济损失、增加细菌耐药性、抗性基因污染，最终威胁食品安全。因此对益生乳酸菌在奶牛养殖中应用研究具有重要意义研究方法选
8、取健康组(CH,20头，SCC<30万/ml),乳房炎组(cm,20头,=,H,scc=,,n>100万/mL),采用二代、三代测序技术相结合的方法从宏基因组角度完成了40头奶牛粪便屮微生物多样性和Metagenome分析，探究揭示乳腺炎与奶牛肠道微生物及功能基因的关系。结果基于三代测序技术完成健康组、乳房炎患病组共40头奶牛肠道微牛物组成分析
