高通量16srrna标签测序法比较人与不同动物肠道微生物组多样性

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1、第33卷第5期生态科学33(5):8518572014年9月EcologicalScienceSep.2014邓冠华,查龙应,张国霞,等.高通量16SrRNA标签测序法比较人与不同动物肠道微生物组多样性[J].生态科学,2014,33(5):851857.DENGGuanhua,CHALongying,ZHANGGuoxia,etal.ComparisonofhumanandanimalfecalmicrobiotawithIlluminasequencingof16SrRNAtags[J].EcologicalScience,2

2、014,33(5):851857.高通量16SrRNA标签测序法比较人与不同动物肠道微生物组多样性1223222,*1,*邓冠华,查龙应,张国霞,王玉,黎耀涛,彭欣,周宏伟,刘移民1.广州市职业病防治院职业卫生评价检测中心,广州市医学重点学科职业健康监护科,广州市职业环境与健康效应实验室,广州5106202.南方医科大学公共卫生与热带医学学院,广州5105153.内蒙古自治区赤峰市疾病预防控制中心,内蒙古赤峰024000【摘要】收集人、大猪、小猪、大鼠、小鼠以及鸡五个不同个体的粪便样品,每个个体取两个平行样,提取总DNA;PCR扩增

3、,获得16SrRNAV6标签片段;Illumina测序;经BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性。研究结果发现,不同物种之间肠道菌群差异较大。五类物种肠道菌群均以厚壁菌门、拟杆菌门、以及变形菌门为主,但鸡的厚壁菌门显著减少,而变形菌门显著增加。从多样性角度来看,猪肠道菌群种属丰富度及Shannon指数均显著高于人及鸡肠道菌群。从多样性角度,尽管不同人之间的肠道菌群相似度较低,但不同物种之间相比较,小猪与大鼠肠道菌群与人相似性高于小鼠和鸡肠道菌群。与人类相比,小猪的肠道微生物组最相近,而鸡的肠道菌群相似度最低。关键词:微

4、生物组;Illumina测序;动物模型;微生物多样性;16SrRNAdoi:10.14108/j.cnki.1008-8873.2014.05.005中图分类号:R372文献标识码:A文章编号:1008-8873(2014)05-851-07ComparisonofhumanandanimalfecalmicrobiotawithIlluminasequencingof16SrRNAtags1223222,*DENGGuanhua,CHALongying,ZHANGGuoxia,WANGYu,LIYaotao,PENGXin,ZHOU

5、Hongwei,1,*LIUYimin1.GuangzhouPreventionandTreatmentCenterforOccupationalDiseases,GuangzhouKeyDisciplineofMedicineOccupationalHealthSurveillanceDepartment,GuangzhouLabforOccupationalEnvironmentandHealthEffect,Guangzhou510620,China2.SchoolofPublicHealthandTropicalMedicin

6、e,SouthernMedicalUniversity,Guangzhou510515,China3.ChifengCenterforDiseaseControlandPrevention(CDC),ChifengInnerMongolia024000,ChinaAbstract:Thisstudywasconductedtocomparethemicrobialdiversityofhuman,smallpigs,largepigs,rats,miceandchickensfeces.GenomicDNAofhumanandanim

7、alfeceswasextracted,andthe16SrRNAV6tagswereamplifiedandsequencedbyIlluminaHiSeq2000subsequently.TheBIPESandQIIMEwereemployedtoanalyzethegutbacterialcommunities.Theresultsindicatedthatthegutmicrobiotaofhumanandanimalswassignificantlydifferent.Asinhuman,threebacterialphyl

8、a,Firmicutes,BacteroidetesandProteobacteria,dominatedthefaecalmicrobiotaofsmallpigs,largepigs,rats,miceandchic