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1、实验目的：1.学会使用PHYLIP,MEGA和MrBayes构建系统发育树2.学会分析建树结果，体会各种方法差异实验内容：(―)PHYLIP(二)MEGA(三)MrBayes作业：1,用NCBI搜索dehydrin不同物种的序列，找到以下物种。1)、MicroplitisdemolitordehydrinCOR47-like,mRNA372bp2XQuercuspetraeadhn3genefordehydrin,620bp3XAlternariabrassicicoladehydrin-likeprotein(DHN2)g
2、ene,completecds,alternativelysplicedl,473bplinearDNA4.ColumbalividdehydrinDHN4-likemRNA648bplinearmRNA5XEscherichiacolidehydrin(dhnA)gene,completecds2,322bpPHYLIP法粑5个序列用clustalx进行比对，以phylip格式输出，再把phylip粘贴到phyphylip-3.695exe文件夹，然后分别用不同方法建树。双击SEQBOOT子程序，输入phylip运行得
3、到outfile,改名为seqb。最大简约法：打开DNAPARS,将刚才生成的seqb文件名输入，修改参数运行后得到的outtree用treeview打开如图1所示距离法建树：首先利用DNADIST软件计算两两序列的距离，得到距离矩阵用于下一步分析。将刚才生成的seqb文件输入，更改M参数为分析多个数据，运行后生成文件outfile,改名为dnadist。1)NJ方法：执行NEIGHBOR软件，将上一步生成的dnadist输入，利用NJ方法建树，更改M参数为分析多个数据，生成两个文件outfile和outtree,outtr
4、ee用treeview打开如图2所示2)UPGMA方法：操作同上，得到如图3ColumbaAJternaria（图3UPGMA方法）(图4FM方法)3)FM方法：执行FITCH软件，将dnadist输入，更改M参数为分析多个数据，生成两个文件outfile和outtree,outtree用treeview打开如图4所示最大似然法建树：打开DNAML软件。将刚才生成的seqb文件输入,更改M参数为分析多个数据，生成两个文件outfile和outtree。outtree用treeview打开如5戶麻ColumbaMicropli
5、tiQuercus图5最人似然法MEGA法：把5个序列保存为一个txt文件，改为fas格式。打开MEGA,点击Align-Edit/BuildaAlignment,选择createanewalignment。选择DNA,出现新窗口AlignmentExplorer,点主菜单Data-open-retrievesequencesfromfile.打开之前的fas文件，选全部序列进行比对。然后点击Data-ExportAlignment-MEGAFormat,保存比对结果。关闭窗口。点击主菜单File-OpenaFile/ses
6、sion,选择刚保存的meg文件，进行不同方法建树。（UPGMA法）MicroplitisdemolitorEscherichiacoliQuercuspetraeaAlternariabrassicicolaColumbalivia贝叶斯法:吧5个序列利用clustalx比对，输出nxs.nex文件，粘贴到mrbayes-3.1.2文件夹，运行MrBayes,读入nex文件，在〉控制符后输入exenxs.nex,点击回车，在控制符后输入mcmcngen=10000samplefreq=10,点击回车。在控制符后输入sump
7、burnin=250点击回车。在控制符后输入sumtburnin=250,点击回车。最后得到的树用treeview打开如图所示贝叶斯法AlternariaNCBIcommontree总结：每个树都存在差异，因为NCBIcommontree是按照整个物种构建的进化树，由于在物种进化过程中基因会发生趋异或趋同进化，所以其他建树法构建的进化树与NCBIcommontree不同，此外，每个建树方法的算法不一样，所以不同方法构建的发育树存在差异二.在NCBI中搜索固氮酶蛋白限定为RefSeqz选择一个序列，进行Blastp。下载20种
8、序列，使用MEGA分别通过最大简约法和极大似然法构建树，并于NCBI上的标准物种树比较。首先，可以发现构建的进化树与NCBI上的物种树有很大的差异。如Halothecesp.PCC7418（在标准物种树与ML中标注*号）,在物种树中与Cyanothecesp.PCC7822近邻，然而在ML
