资源描述：
《副粘病毒tianjin株np,p,m及l蛋白的生物信息学分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、石立莹等:副粘病毒Tianjin株NP、P、M及L蛋白的生物信息学分析1437副粘病毒Tianjin株NP、P、M及L蛋白的生物信息学分析石立莹李梅李晓眠*何健民袁立军(天津医科大学基础医学院微生物学教研室天津300070)摘要:为了进一步明确副粘病毒Tianjin株的来源和种系进化地位,探讨其高致病性的机制。对Tianjin株NP、P、M及L蛋白进行了生物信息学分析。进化树显示：Tianjin株属于副粘病毒亚科呼吸道病毒属,且很可能为仙台病毒新的基因型。相似性比较表明,P蛋白变异最大,相似性仅为
2、78.7%~91.9%;L蛋白相似性最高,为96.0%~98.0%。序列比对显示：NP蛋白氨基酸序列中存在15个独特的变异位点,P蛋白存在29个,M蛋白存在6个,L蛋白存在29个。这些独特变异位点的存在很可能是导致Tianjin株在宿主来源和致病特点等方面与已知仙台病毒株具有较大差异的原因。关键词:副粘病毒,仙台病毒,狨猴,生物信息学BioinformaticsAnalysisoftheNP,P,MandLProteinofParamyxovirusTianjinStrainSHILi-YingL
3、IMeiLIXiao-Mian*HEJian-MinYUANLi-Jun(DepartmentofMicrobiology,CollegeofBasicMedicalScience,TianjinMedicalUniversity,Tianjin300070)Abstract:InordertodemonstratethetaxonomicpositionofparamyxovirusTianjinstrainandexploreitsmechanismofpathogenesis.Bioinfo
4、rmaticsmethodswereusedtoanalyzethededucedaminoacidsequencesofNP,P,M,andLproteinofTianjinstrain.PhylogeneticanalysisbasedonNP,P,M,andLproteinsequencesdemonstratedthatTianjinstrainbelongedtothegenusRespirovirus,inthesubfamilyParamyxovirinaeandmostlikely
5、anewgenotypeofSendaivirus.SequencesimilaritiescomparisonsindicatedthatTianjinstrainPproteinwaspoorlyconserved,sharingonly78.7%~91.9%aminoacididentitywith6knownSendaiviruses,whileLproteinwasthemostconserved,having96.0%~98.0%aminoacididentitywithotherSe
6、ndaiviruses.Multiple-sequencealignmentsofTianjinstrainNP,P,M,andLproteinwiththoseof6knownSendaivirusesshowedthatTianjinstrainpossessedalotofuniqueaminoacidsubstitutionsinproteinsequences,15inNP,29inP,6inM,and29inL.Thepresenceoftheseuniqueaminoacidsubs
7、titutionssuggeststhatTianjinstrainmaybehasasignificantdifferenceinhostorpathologicalcharacteristicsfromtheknownSendaiviruses.Keywords:Paramyxovirus,Sendaivirus,Marmoset,Bioinformaticshttp://journals.im.ac.cn/wswxtbcn石立莹等:副粘病毒Tianjin株NP、P、M及L蛋白的生物信息学分析
8、1437副粘病毒为有包膜的负链RNA病毒,是一类重要的人类和动物致病病毒,如尼帕病毒(Nipahvirus)、亨德拉病毒(Hendravirus)、Menangle病毒等。1999年6月,天津医科大学实验动物中心饲养的普通棉耳狨猴群体中暴发急性呼吸道传染病,发病率几乎100%,病死率为33%[1]。为了明确病因,在除外细菌感染的基础上,我们将死亡狨猴的肺组织匀浆后接种鸡胚培养,分离得到一株高血凝效价的病毒。通过电镜观察病毒形态、交叉血凝抑制试验、RT-PCR、互联网Blast服务器
