质谱数据分析2014

《质谱数据分析2014》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、蛋白质组学的数据分析邵晨复习蛋白质组的定义，蛋白质组学和基因组学的区别？由一个基因组，或一个细胞、组织表达的所有蛋白质。蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别，它随着组织、甚至环境状态的不同而改变。在转录时，一个基因可以多种mRNA形式剪接，一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物，蛋白质组中蛋白质的数目有时可以超过基因组的数目。KeyadvantageofproteomicsResearchersworkonthelevelofgeneproductsanddealwithgenesthatarereallyexpressedtogiveadetectablePRODUCTandare

2、notjust"expressed“whichonlysaystheyproduceadetectablemRNAbutitisnotclearwhetherthereisageneproductornot.KeylimitationofproteomicsUsually,onlyafractionoftheproteinssynthesizedcanbedetectedinaproteomicsexperiment,whereastheexpressionofALLgenescanbemonitoredinawhole-genomearrayexperiment.Keyprereq

3、uisiteofproteomicsAgenomesequencefortheinvestigatedorganismoratleastacollectionofmanycDNAsequencesisrequired.FromYogitaMantri&ArvindGopu’spresentationin2003蛋白质组学研究的目标蛋白质鉴定蛋白质特性-如翻译后修饰蛋白质定量-相对定量、绝对定量样品间比较定性-不同样品间含有的蛋白类型的差异定量-不同样品间含有的蛋白浓度/含量的差异翻译后修饰-不同样品间是否存在不同的翻译后修饰形式蛋白质功能把单个蛋白/多肽从复杂样品中分离出来非常困难，

4、在“组学”实验中一般达不到这个效果IonizationmethodsElectrospraymassspectrometry(ESI-MS)Liquidcontaininganalyteisforcedthroughasteelcapillaryathighvoltagetoelectrostaticallydisperseanalyte.Chargeimpartedfromrapidlyevaporatingliquid.Matrix-assistedlaserdesorptionionization(MALDI)Analyte(protein)ismixedwithlargeex

5、cessofmatrix(smallorganicmolecule)Irradiatedwithshortpulseoflaserlight.Wavelengthoflaseristhesameasabsorbancemaxofmatrix.MALDIm/zspectrumofapeptidemixtureTheQuadrupoleThequadrupoleconsistsoffourparallelmetalrods.Ionstraveldownthequadropoleinbetweentherods.Onlyionsofacertainm/qwillreachthedetect

6、orforagivenratioofvoltages:otherionshaveunstabletrajectoriesandwillcollidewiththerods.Thisallowsselectionofaparticularion,orscanningbyvaryingthevoltages.sourcedetectorVoltageFiltersoutallm/zvaluesexcepttheonesitissettopassObtainsamassspectrumbysweepingacrosstheentiremassrangeCollectsandstoreion

7、sinordertoperformMS-MSanalysesonthem.IonTrapMassAnalyzerTrappedionsIonsinIonsoutThetrapconsistsofatopandabottomelectrodeandaringelectrodearoundthemiddle.Ionsareejectedonthebasisoftheirm/zvalues.Tomonitortheionscomingfromthesource,