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《hif-1α基因部分12外显子序列生物信息学分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、HIF-1α基因12外显子序列生物信息学分析张翠翠作者简介：张翠翠（1986-），女（汉族），硕士研究生，Email:zczcui369@163.com，联系电话：0312-7528343通讯作者：贾青（1964-），男（汉族），教授，博士，研究方向：动物遗传育种Email:jiaqing@hebau.edu.cn，贾青1.2，邢增喜1,魏星灿1，陶隽1（1、河北农业大学动物科技学院，河北保定071000；2、国家北方山区农业工程技术研究中心，河北保定071000）摘要：为了探讨不同物种的HIF-1а基因遗传多样性,使用生物信息学方法分析人、家鼠、猪、牛及猕猴等10个物种的HI
2、F-1а基因的12外显子序列。结果显示，选取的10个物种44条序列中共筛查到130个多态位点，生成13种单倍型。牦牛、家牛和猪三个物种HIF-1а基因12外显子区域存在较为丰富的遗传多样性，而狨、人、猕猴、家鼠和犬五个物种的HIF-1а基因12外显子相对保守。关键字：物种；HIF-1а基因；遗传多样性；生物信息学BioinformaticsAnalysisofthe12thexonofHIF-1αGeneCuicuiZhang1QingJia1、2,ZengxiXing1,XingcanWei1,JunTao1（1、CollegeofAnimalScienceandTechno
3、logy,AgriculturalUniversityofHebei,Baoding,071000,China;2、NationalEngineeringResearchCenterforAgricultureinNorthernMountainousArea,Baoding,071000,China）Abstract:Thisstudyaimstodiscussthegeneticdiversityofthealphasubunitofhypoxiainduciblefactor1(HIF-1a).The12thexonoftenspeciesareanalyzedbyBio
4、informaticsmethods,suchasHomosapiens,Musmusculus,Susscrofa,Macacamulattaandsoon.Theresultshowsthat130polymorphicsitesweredetectedand13hapolotypesweresortedfrom44sequencesof10species.Therewererichgeneticdiversityofthe12thexonoftheHIF-1agenewithinandamongthreespecies,BosgrunniensBostaurusandSu
5、sscrofa.ButCanis,Homosapiens,Macacamulatta,andCallithrixjacchus’swereconservation.Keywords:species;HIF-1agene;geneticdiversity;bioinformatics低氧诱导因子（Hypoxia-induciblefactor-1，HIF-1）是细胞缺氧后产生的一种适应性的DNA结合蛋白，由α亚基和β亚基组成，α亚基受低氧诱导，既是HIF-1的活性亚基又是调节亚基。HIF-1对能被受低氧所诱导的低氧反应性基因(HypoxiaResponsiveGenes，HRG)
6、具有调控作用，如促红细胞生成素(EPO)，糖酵解代谢酶，血管内皮生长因子(VEGF)，葡萄糖转移子(Glut)等在内的多种基因。这些基因序列有着共同的特点，即其增强子或启动子上存在一个低氧反应元件，是由HIF-1结合点(核心序列为5’-CGTG-3’)及其两侧的功能序列构成的[1、2]。当丙酮酸激酶、磷酸果糖激酶、烯醇化酶等和包括这些酶的启动子转录激活时，低氧诱导因子结合位点被暴露，HIF-1通过激活这些位点来激活这些酶基因[3]，进而诱导EPO、糖酵解酶等的合成，促进糖酵解的进行，通过糖酵解产生ATP供机体能量代谢的需要。有关HIF-1а遗传多态性的研究更多集中于某物种中，而
7、在物种间的研究极少，另外应用该基因探讨物种间系统进化关系的报道也较为少见。本研究运用生物信息学方法分析牦牛、家牛、狨、人、猕猴、家鼠、大鼠、藏羚羊、猪和犬物种间的遗传多态性，及这些物种间的系统进化关系，希望能为今后的研究提供理论依据。1材料和方法1.1基因序列来源从NationalCenterforBiotechnologyInformation（NCBI）数据库中查询下载不同物种的HIF-1а基因的编码序列，其中包含牦牛、家牛、狨、人、猕猴、家鼠、大鼠、藏羚羊、猪和犬10个物种的44条序列
