部分红麻myb转录因子基因序列的生物信息学分析

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1、福建农林大学本科毕业论文　　论文题目：部分红麻MYB转录因子基因序列的生物信息学分析学院：生命科学学院专业年级：生物技术2011级学号：3115405030姓　　名：陈志超指导教师、职称：徐建堂副研究员2015年5月5日福建农林大学本科毕业论文福建农林大学本科毕业论文BioinformaticsanalysisonpartofMYBtranscriptionfactorinKenaf（HibiscuscannabinusL.）SubmittedinpartialfulfillmentoftherequirementsforthedegreeofBachelorinSchoolofLi

2、feSciences,FAFUCollege:SchoolofLifeSciencesSpeciality:BiotechnologyEntranceyear:2011I.D.No.:3115405030Candidate:ChenZhichaoSupervisor:AssociateProf.XUJiantangSubmitted:InMay,2015福建农林大学本科毕业论文目录摘要1英文摘要11引言11.1研究意义11.2前人研究进展21.3本研究切入点31.4拟解决关键性问题32材料与方法32.1试验材料32.2总DNA提取42.3目的基因的克隆与生物信息学分析42.4PCR扩

3、增43结果与分析53.1红麻DNA提取结果53.2红麻MYB的PCR结果63.3PCR产物测序结果（铂尚测序公司）73.4DNAMAN比对结果73.5进化树123.6ORF分析134讨论154.1DNA提取与目的片段扩增154.2关于目的片段引物设计154.3转录组测序结果验证165结论16参考文献16致谢18福建农林大学本科毕业论文部分红麻MYB转录因子基因序列的生物信息学分析陈志超福建农林大学，生命科学学院，生物技术2011级摘要：通过对红麻MYB相关转录因子进行序列验证分析，为下一步开展MYB基因全长克隆奠定基础。对红麻MYB转录组数据分析，从中筛选出92条与MYB相关序列，进

4、行进化树分析。从红麻转录组中随机挑选8条MYB基因，利用Oligo7软件设计特异引物，以红麻品种福红7号基因组总DNA为模板进行中间片段扩增与扩增产物测序，利用DNAMAN8软件及NCBIBlast进行序列比对分析。其中7条MYB相关因子的基因序列相似度达99%以上，经分析后均能获得转录组序列的开放阅读框。获得基于转录测序的7条MYB转录因子相关序列中间片段，为下一步开展MYB基因全长克隆及功能验证奠定良好基础。关键词：红麻，MYB转录因子，转录组，基因克隆，比对分析BioinformaticsanalysisonpartofMYBtranscriptionfactorinKenaf

5、（HibiscuscannabinusL.）Chenzhichao,FujianAgricultureandForestryUniversity,collegeoflifescience,DepartmentofBiotechnology,MajorofBiotechnology,Grade2011,No.3115405030Abstract:BasedonkenafMYBrelatedtranscriptionfactorsequenceanalysis,toprovideabasisforkenafMYBgenecloning.ThroughtheanalysisofKenaft

6、ranscriptomedata,atotalof92MYBtranscriptionfactorrelatedsequencewereselectedfromthedata,andthenanalysisitsphylogenetictree.EightkenafMYBgenesequenceswererandomlyselectedfromthedata,usingsoftwareoligo7todesignspecificprimers,withtotalgenomicDNAofVarietiesFuhongNo.7asthetemplateforthemiddlefragme

7、nt,sequencealignmentanalysisusingDNAMAN8softwareandNCBIBlast.Almondthemthereweresevensequences’similaritywereupto99%,andbothofthemexistthetranscriptomesequenceoftheopenreadingframe.ObtainedbasedonthetranscriptionofsequencingsevenM