遗传性牙本质疾病致病基因突变谱的生物信息学研究

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1、遗传性牙本质疾病致病基因突变谱的生物信息学研究遗传性牙本质疾病致病基因突变谱的生物信息学研究#*51015摘要：为了对遗传性牙本质疾病致病基因牙本质涎磷蛋白基因突变谱进行总结和生物信息学分析。在MEDLINE（以“DSPP”和“Mutation”为关键词进行检索分析。并运用PolyPhen-2、SignalP3.0、SplicePort等多种生物信息学软件对发现的突变进行分析。结果发现世界上不同科研团队已经在59个患者家系中报道了40个突变。其中19个错义突变或无义突变发生在DSP结构域，而21个移码突变发生在DPP结构域。在DSP结构域中

2、，1个突变可能改变信号肽剪切位置；4个突变降低信号肽剪切的可能性；10个突变干扰外显子间的剪接；1个突变提前终止翻译过程；还有3个突变可能对多肽的空间结构产生影响。此外，在DPP结构域的移码突变由于缺乏合适的分析软件，尚无法准确评估各个突变发生后的生物学效应。总之，通过生物信息学软件分析，本文对DSPP基因突变的生物学功能发掘了多项研究线索，后续研究应着力阐明生物信息学分析发现的多种假设，并紧密联系DSPP突变与疾病发生的分子机制。关键词：遗传性牙本质疾病；牙本质涎磷蛋白；突变；生物信息学中图分类号：R394.320Bioinformatics

3、tudyofthespectrumofmutationsforhereditarydentindefectsHUANGFumeng,LIHairui,WANGBiyuan,MAJieDepartmentofGeneticsandMolecularBiology,Xi’anJiaotongUniversitySchoolofMedicine,25303540Shaanxi,Xi'an710061Abstract:TosummarythespectrumofmutationsinDSPPgeneforhereditarydentindefects

4、andperformthebioinformaticanalysis.ThestudiesincludedinthissummarywereidentifiedusingMedlineandChinaKnowledgeResourceIntegratedDatabasewiththesearchterms“DSPP”and“Mutation”.Allofthedataanalyzedhadbeenpreviouslypublished.Toinvestigatewhetherorhowthemutationsmayaffectthefuncti

5、onofDSPP,weusedvariousbioinformaticssoftwareprogramsPolyPhen-2,SignalP3.0andSplicePort.59independentfamilieswerefoundfrom26differentstudiesthatidentified40mutationswithinDSPPforthehereditarydentindefects.The19missenseornonsensemutationswerelocatedwithintheDSPdomain,and21muta

6、tionslocatedintheDPPdomaincauseframeshiftmutations.InDSPdomain,amutationmaychangethecleavagesiteforthesignalpeptide;fourmutationsmayaffectsignalpeptidecleavage;tenmutationsmayaffectnormalpre-mRNAsplicing;amutationcancreateastopcodon;threemutatuonsmaydirectlyaffectthebiologic

7、alfunctionofDSPbychangingitsnormalspaceconformation.Unfortunately,bioinformaticanalyseswereunavailablefortheframeshiftmutationswithintheDPPdomain.Overall,thepresentstudyhaveidentifiedseveralcluesforfuturestudiesusingbioinformaticanalysis.Furtherresearchisneededtoclarifythehy

8、pothesesfromtheresultsofourbioinformaticanalyses,andtorelatethistothemolecu