豌豆开花后异表达基因PPF-1核酸和蛋白质序列分析.doc

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1、豌豆开花后特异表达基因PPF-1核酸和蛋白质序列分析姓名________学号______________组号_____日期________年___月___日1.研究背景和文献阅读1)利用各种不同方法，检索PubMed数据库中收录的开花后特异表达基因（PeaPost-floral-specificgene，PPF-1）相关研究论文。2)认真阅读上述论文，简述PPF-1序列特征、表达特异性，以及可能的生物学功能。2.数据库注释1)检索UniProtKB序列数据库中豌豆内膜蛋白PPF-1的蛋白质序列，归纳总结该序列条目的一般注释信

2、息、序列注释信息、数据库交叉链接。2)利用注释信息中序列相似性和蛋白质家族注释信息，找出拟南芥中PPF-1同源蛋白ALB3_ARATH。3)浏览该同源蛋白的注释信息、文献报道和数据库交叉链接，说明其功能、亚细胞定位、组织特异性、互作蛋白、结构域特征、剪接变体、序列特征、基因结构、基因组定位、表达特异性等。4)通过上述ALB3_ARATH序列中的数据库交叉链接AT2G28800，浏览该基因在拟南芥信息资源系统（TAIR）中的注释信息，归纳总结其基因结构、可变剪接方式、突变体、文献资源等，并通过交叉链接e-FPBrowser查看

3、该基因的在不同组织中的表达，通过交叉链接PhytozomePlantGeneFamilies查看该基因在其它植物中的同源基因。3.序列相似性分析1.利用WebLab中的点阵图程序Dottup、DotMatcher、DotPath对PPF1_PEA和ALB3_ARATH蛋白质序列及其编码基因的编码区序列进行比对，分析比较比对结果，说明上述程序的适用范围。2.利用WebLab中的全局比对程序Needle和局部比对程序Water，对PPF1_PEA和ALB3_ARATH蛋白质序列及其编码基因的编码区序列进行比对，分析比较比对结果，

4、说明上述程序的实用范围。4.1.2.3.4.读码框分析1)提取豌豆内膜蛋白编码基因PPF-1全长mRNA序列，用WebLab中PlotORF程序分析其可能的读码框。2)用WebLab中ShowORF程序分析PPF-1全长mRNA序列读码框特征。3)用WebLab中SixPack程序分析PPF-1全长mRNA序列读码框特征。4)用WebLab中GetORF程序提取PPF-1全长mRNA序列中编码区核苷酸序列和所编码的氨基酸序列。5)比较上述读码框分析软件，说明其用途和特点。3.4.5.核苷酸序列分析1)利用WebLab中密码子

5、统计程序，分析豌豆PPF-1和拟南芥中同源基因密码子使用特征。2)利用WebLab中内切酶分析程序，分析豌豆PPF-1基因的酶切位点。3)利用WebLab中引物设计程序，设计PPF-1基因mRNA序列的引物。6.蛋白质序列分析1)利用WebLab和ExPASy网站提供的氨基酸组成分析程序，统计PPF-1蛋白质20种不同氨基酸的组成。2)利用WebLab和ExPASy网站提供的一级结构特征分析程序，分析PPF-1蛋白质不同区域疏水和亲水、柔性和刚性、溶剂可及性、空间位阻、二级结构等序列特征。1)利用WebLab中和ExPASy

6、网站提供的跨膜螺旋预测程序，预测PPF-1蛋白质序列中可能的跨膜螺旋，并比较预测结果的异同。2)利用WebLab中alpha-螺旋轮显示程序，绘制PPF-1蛋白质序列中预测到的跨膜螺旋的螺旋轮，说明跨膜区的序列特征。3)利用CBS网站提供的程序，预测PPF-1蛋白质的信号肽、亚细胞定位。1.课题相关蛋白质和核酸序列分析1)检索UinProtKB数据库中和你研究课题相关的蛋白质序列，总结其注释信息、相关文献和数据库交叉链接提供的信息。2)将以上豌豆内膜蛋白PPF-1序列分析思路和方法用于和你研究课题相关的蛋白质及其编码基因mR

7、NA序列的分析，说明分析结果。