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1、生物技术通讯·146·LETTERSINBIOTECHNOLOGYVol.11No.2Jun.2000ClustalW—蛋白质与核酸序列分析软件郭崇志孙曼霁(军事医学科学院毒物药物研究所北京100850)摘要蛋白质与核酸的序列分析在现代生物学和生物信息学中发挥着重要作用,新的算法和软件层出不穷,本文介绍一个可运行在PC机上的完全免费的多序列比较软件OClustalW,它不但可以进行蛋白质与核酸的多序列比较,分析不同序列之间的相似性关系,还可以绘制进化树。由于其灵活的输入输出格式、方便的参数设定和选择、详尽的在线帮助以及良好的可移植性,使得Clus
2、talW在蛋白质与核酸的序列分析中得到了广泛应用。关键词ClustalW;多序列比较ClustalW—AsoftwareformultiplesequencealignmentofproteinandnucleicacidsequenceGuoChongzhi,Sunmanji(BeijingInstituteofPharmacologyandToxicology,Beijing100850)AbstractThesequenceanalysisofproteinandnucleicacidisimportantinthemodernbiolog
3、yandbioinfor2mation.InthisarticleIintroduceafreemultiplesequencealignmentsoftwareOClustalWwhichcanrunonper2sonalmicrocomputer.Thissoftwarecandealwiththeproteinornucleicacidmultiplesequencealignment,an2alyzethesimilarlyrelationofdifferentsequenceanddrawphylogenetictrees.Clusta
4、lWiswidelyusedonthesequenceanalysisofproteinandnucleicacidforitsagility,convenientandtransportablecharacter.KeywordsClustalW;multiplesequencealignment随着分子生物学技术与计算机科学的不断发展,分析。因此许多公司及研究机构开发了不同用途的一门新的边缘学科———生物信息学正在兴起。生物计算机软件用于生物信息学研究。ClustalW就是一信息学是利用计算机对各种生物学信息进行管理的个对核酸及蛋白质序列进行
5、分析及比较的软件。科学,涉及生物学信息和遗传学信息的获取、处理、存Clustal是由DesHiggins和PaulSharp用Fortran储、分配、分析和解释的所有内容。一方面要发展有语言编写的运行于MSDOS下的一个多序列比较软件[1]效的信息分析工具,用于搜集、管理及分析生物学和包,后来被移植到VAXPVMS上。Higgins等在1991遗传学方面的巨量信息,构建适合于生物学研究的数年用C语言重新编写了程序,保留了原软件包的特点[2]据库;另一方面要配合实验室研究,获取生物学相关并加入了许多新的功能,命名为ClustalV。它可以信息,包括
6、基因(DNA)及其产物(多肽、蛋白质)序列运行在IBMPC、AppleMAC’s、Sun工作站及VAX等计的测定、高级结构的解析及相应的功能信息的获取算机上,并在多种C语言编译器上测试成功。目前的等。由此而派生出生物信息学的不同分支学科,如基ClustalW是由JulieD.Thompson,DesmondG.Higgins因组信息学、结构生物信息学和功能生物信息学等。和TobyJ.Gibson在ClustalV的基础上共同编写的一目前正在进行的人类基因组计划(HumanGenome个完全免费的蛋白质与核酸序列分析软件,它可以运[3]Projec
7、t,HGP)是基因组信息学的基础工作。迅速膨行在多种计算机和操作系统下。从ftp:PPftp.ebi.胀的生物学信息要求有功能更强、速度更快、使用更ac.ukPpubPsoftwarePdosPclustalP地址可以得到它的不同简便的信息处理软件以满足巨量信息的检索、比较和版本。目前它的最高版本是1.7,并且已经有了基于郭崇志等:ClustalW———蛋白质与核酸序列分析软件·147·WINDOWS界面的版本ClustalX。对于大多数使用者缺点就更为突出。这时可以选择程序提供的另一种[5]来说,普遍采用的是运行于PC机上的MSDOS(包括算法
8、,即WilburOLipman序列比较方法,它的优点WINDOWS)操作系统,故本文以ClustalW的MSDOS是速度快,但准确度不高
