第六章核酸与蛋白质序列分析

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1、生物信息学8/8/20211生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析第六章、核酸和蛋白质序列分析8/8/20212生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析第一节、核酸序列分析一、向数据库中提交核酸序列二、限制性酶切图谱的分析和引物设计8/8/20213生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析一、向数据库中提交核酸序列1、提交的网站欧洲：EMBLWebIn美国：GenBankBankIt和Sequin日本及亚太：DDBJSaKURA8/8/20214生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析2、提交内容（1）DNA/RNA序列的性质:DNA,mRNA序列的来源:必须是实验来源的,包括合成的;序列具有生物

2、学意义,不能人造的序列的精确性:没有错误，没有污染8/8/20215生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析（2）生物体给每条记录以正确的生物名称，主要因为每个生物在进行蛋白翻译是采用的遗传密码子不同，从而对同一核酸序列产生不同的蛋白序列.（3）引用阐述该序列生物学意义的相关文章（4）编码序列（编码序列的特征，CDS等）基因命名CDS确定（5）仅提交蛋白质序列SWISS-PROT是最好的提交地方8/8/20216生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析3、向Genbank提交序列方式（1）利用BankIt网上提交（2）利用Sequin软件提交8/8/20217生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分

3、析（1）在线提交核酸序列（BankIt）BankIt是NCBI提供的一个在线提交序列的工具。由一系列表单，包括联络信息、发布要求、引用参考信息、序列来源信息以及序列本身的信息等。用户提交序列后，会从电子邮件收到自动生成的数据条目，Genbank的新序列编号，以及完成注释后的完整数据记录用户还可以在BankIt页面下修改已发布序列的信息。BankIt适合于独立测序工作者提交少量序列，而不适合大量序列的提交，也不适合提交很长的序列，EST序列和GSS序列也不应用BankIt提交。8/8/20218生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析在线提交序列过程1.登陆BankIt页面http://www.

4、ncbi.nlm.nih.gov/BankIt2.填写表单内容。3.确认表单内容。4.等待电子邮件返回信息。8/8/20219生物信息学登陆BankIt页面（一）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/第六章、核酸和蛋白质序列分析8/8/202110生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析登陆BankIt页面（二）8/8/202111生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析登陆BankIt页面（三）8/8/202112生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析注册用户名并登陆生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析填写表单信息（一）联系人信息8/8/202114生物信息

5、学第六章、核酸和蛋白质序列分析填写表单信息（二）序列作者相关文献信息8/8/202115生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析填写表单信息（三）序列公开发布日期提交序列数目序列信息8/8/202116生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析填写表单信息（四）8/8/202117生物信息学（2）利用Sequin软件提交第六章、核酸和蛋白质序列分析如何使用？下载Sequin软件ftp://ncbi.nim.nih.gov/sequin/利用sequin软件生成序列注册文件以附件形式E-mail给NCBI.E-mail:gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov什么情况下使用Sequin软件？需

6、要同时提交大量的序列；或提交的序列较长，注释信息复杂；对序列进行编辑和处理复杂注释。8/8/202118生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析Sequin软件简介如何获得？生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析二、限制性酶切图谱的分析和引物设计1、限制性酶切图谱分析1.1限制性内切酶定义生物体内能识别双链DNA分子中特定核苷酸序列并将其切断的酶，简称限制酶（Restrictionenzymes)。1.2限制性内切酶的识别序列与酶切特点特异性识别具有回文结构的序列，例如，EcoRI的识别顺序为：5’……GAATTC……3’3’……CTTAAG……5’识别序列的长度一般为4~8个核苷酸，常用的为

7、识别6个核苷酸的限制酶。酶切后产生新末端结构：5’端为磷酸基，3’端为羟基末端结构分为三类：平端、5’端突起和3’端突起8/8/202120生物信息学第六章、核酸和蛋白质序列分析1、限制性酶切图谱粘性末端：是交错切割，结果形成两条单链末端，这种末端的核苷酸顺序是互补的，可形成氢键，所以称为粘性末端。如EcoRI的识别顺序为：5’……G

8、AATTC……3’3’……CTTAA

9、G……5’在双链上交错切割的位置切割