MASCOT介绍与蛋白质鉴定.pdf

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1、MASCOT介紹與蛋白質鑑定的實際應用講員:蔡沛倫鎂陞科技股份有限公司MassSolutionsTechnology時間:2010年7月22日地點:台灣大學蛋白質資料庫搜尋鑑定(Mascot)°Mascot蛋白質鑑定的技術原理介紹°各項使用參數的意義及建議設定值°鑑定分析結果報告呈現°Mascot進階功能介紹°Mascot2.3新增功能介紹WhatisMASCOT?°MASCOT是一套利用質譜的圖譜與資料庫序列進行比對來鑑定蛋白質的軟體。°MASCOT提供的比對方式有以下三大類:1.Peptidem

2、assfingerprint2.SequenceQuery3.MS/MSIonsearch°MASCOT預設可使用的資料庫如下:1.MSDB2.NCBInr3.SwissProt4.dbEST(nucleicaciddatabase)MASCOT提供使用者自建database比對的功能,方便使用者進行recombinantproteinsearching。MASCOT網頁免費版:http://www.matrixscience.com/search_form_select.htmlInHouse版:

3、http://localhost/search_form_select.htmlProteinIdentificationProteinseparationEnzymaticdigestionPeptideseparationMassspectrometryDatabasesearchCurrentOpinioninChemicalBiology2000Fingerprint/MappingforProteinIDe.g.MALDI-TOF°Highlypurifiedproteinrequired

4、°Nosequenceinformation798.6,MALDI-MS679.4,MEMEKEFEQIDKSGSWAAIYQDIRHEASDFPCRVAKLPKNKNRNRYRDVS1206.3PFDHSRIKLHQEDNDYINASLIKMEEAQRSYILTQGPLPNTCGHFWEMVWEQKSRGVVMLNRVMEKGSLKCAQYWPQKEEKEMIFEDTNLKLTLISEDIK……SYYTVRQLELENLTTQETREILHFHYTTWPDFGVPESPASFLNFLFKVRESG

5、SLSPEHGPVVVHCSAGIGRSGTFCLADTCLLLMDKRKDPSSVDIKKVLLEMRKFRMGLIQTADQLRFSYLAVIEGAKFIMGDSSVQDQWKELSHEDLEPPPEHIPPPPRPPKRILEPHNGKCREFFPNHQWVKEETQEDKDCPIKEEKGSPLNAAPYGIESMSQDTEVRSRVVGGSLRGAQAASPAKGEPSLPEKDEDHALSYWKPFLVNMCVATVLTAGAYLCYRFLFNSNTPeakList1108.531202

6、.661429.591731.901732.781918.131919.051920.132041.992185.162186.152206.102207.092208.092209.242210.242223.162476.242499.412500.292501.34….….….°SearchParameters°database°taxonomy°enzyme°missedcleavages°fixedmodifications°variablemodifications°proteinMW°

7、proteinpI°estimatedmassmeasurementerrorDatabaseExample>gi

8、386828

9、gb

10、AAA59172.1

11、insulin[Homosapiens]MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN>gi

12、1351907

13、sp

14、P02769

15、ALBU_BOVINSerumalbumi

16、nprecursor(AllergenBosd6)(BSA)MKWVTFISLLLLFSSAYSRGVFRRDTHKSEIAHRFKDLGEEHFKGLVLIAFSQYLQQCPFDEHVKLVNELTEFAKTCVADESHAGCEKSLHTLFGDELCKVASLRETYGDMADCCEKQEPERNECFLSHKDDSPDLPKLKPDPNTLCDEFKADEKKFWGKYLYEIARRHPYFYAPELLYYANKYNGVFQECCQAEDKGACLLPKIE

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