基于AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性检测方法的建立-论文.pdf

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1、甘肃医药2014年第33卷第6期GansuMedicalJournal，2014。Vo1．33。No．6·401·基于AllgloTM探针检测IL一1单核苷酸多态性检测方法的建立潘云燕赵有利杜洽军【摘要】目的：探讨AllgloTM探针检测I【，-1单核苷酸多态性的实用性。方法：采用AllgloTM探针实时荧光PCR对IL_lB基因SNP进行基因分型。设计其3954C>T位点AllgloTM探针序列和PCR扩增引物，按照PCR产物特异性和扩增效率，对退火温度、引物浓度等条件进行优化。结果：结果显示AⅡgl0探针实时荧光PCR检测体系最适引

2、物浓度为0．41~M，退化温度为58．9~C两步法PCR。在同一条件体系下，检测100例健康体检者IL-l[3基因3954C>T位点，并进行基因分型，测序验证其分型结果。结论：AⅡgl0珈探针实时荧光PCR检测II，_1B基因SNP是一种值得推广的高通量、低成本、常规化的基因分型方法。【关键词】AllgloTM探针；白细胞介素一1；单核苷酸多态性文献标识码：A文童■号：1004—2725(2014)06—04O1-03Establishmentofdetectionmethodoftesting几一1singlenucleofidepo

3、lymorphismbasedonAllgl0聊probePANYun-yanZHA0You-liDUQ口DepartmentofLaboratory，theSecondHospitalofLanzhouUniversity，Lanzhou730030，China【Abstract】Objective：Toapproachthepracticabilityofthe0probeforthetypingofIL一1promoter．Methods：ThegenotypingforIL-I~promoterSNPwasperformedby

4、thereal-timeQ-PeRwithAllgloTMprobe．WedesignedPCRprimersandAlgloTMprobe80astodetecttheSNPsite3954C>TofIL-I~promoter，andoptimizedtheconcentrationofpHme~andannealtemperatureinaccordancewithPCRamplificationeficiencyandproductionspecificity．Results：Wesuccessfullyestablishedth

5、eA0硎probereal—timeQ-PCRdetectingsystem，andinthistwo-stepasymmetricPCRmethod，theprimerdensityandtheannealingtemperatureontheapproximationPCRinstrumentwere0．4p,M，58．9~C，respectively．Wegotthesaxnegenotypingbythesystemandsequencedin100healthypeopledetectingthesite3954C>TofIL

6、一1Bgene．Concluslon：TheuseofALlgloTMprobeprovidesanattractiveahemativeforgenotypinganddetectionofIL-113geneSNP，whichdeservestospreadforitshigh-flux，lowcostandconvention．【Keywords】AⅡoTMprobe；II，_1；SNP参与前炎症反应的介质很多，关键的介质之一是点进行基因分型的检测方法。白细胞介素1(interleukin一1，IL．1)(主要为IL-lB)。研1

7、材料和方法究结果显示，IL一1参与的炎症反应的不同个体，其临床表现差异很大。由于基因调控IL_1水平的表达，1．1试剂及仪器使用北京华泰生物技术有限公司基因突变又是影响其表达的主要因素之一【1-41，因此，生产的试剂盒提取基因组DNA，购买兰州百元科技许多国内外的学者在研究疾病的易感性与IL一1B基公司的RealstartTaqDNAPolymerase；引物和AllgloTM因突变主要是单核苷酸多态性(singlenucleotide探针由上海超世生物公司合成。检测仪器为Rotorpolymorphism，SNP)关联性上，做了大量的

8、工作【引。进Gene6000(CorbettResearch，Australia)荧光定量PCR行上述研究，传统的方法有序列特异性引物一聚合酶仪。链反应(PCR—SSP)、TaqMan探针法和PCR一限制性