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《红豆杉免培养内生细菌多样性的初步研究-论文.pdf》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、微生物学通报May20,2013,40(5):766—774MicrobiologyChina◎2013byInstituteofMicrobiology.CAStongbao@im.ac.cn红豆杉免培养内生细菌多样性的初步研究张晶晶兰阿峰1,2邓百万,陈文强1,2孔亚男(1.陕西理工学院生物科学与工程学院陕西汉中723001)(2.陕西省食药用菌工程技术研究中心陕西汉中723001)摘要:【目的】了解红豆杉(Taxuschinensis)内生细菌的组成及多样性。【方法】提取红豆杉组织总DNA选
2、用细菌通用引物799F和1492R对总DNA进行16SrDNA特异性扩增,构建红豆杉肉生细菌16SrDNA克隆文库,对阳性克隆进行PCR—RFLP(限制性内切酶片段长度多态性)分析,并对酶切带谱不同的菌液进行测序,构建系统发育树。【结果】根据酶切带谱分析和测序结果的不同,将随机挑取的l58个阳性克隆归为26个不同的可操作分类单元(0uTs),系统发育分析表明这些克隆序列分别属于变形菌f](Proteobacteria,包含Alpha、Beta、Gamma、Delta亚群1、厚壁菌门(Firmicu
3、tes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)4个门。其中,变形菌门(Proteobacteria,占克隆总数的58.86%)为最优势类群。序列比对结果表明这些克隆序列分别与已报道的2O个属具有较高的相似性。此外,还有一个OUTs在系统发育树上形成独立分支且未能确定其分类。【结论】红豆杉内生细菌多样性丰富,并且可能存在新的分类单元。关键词:免培养,红豆杉,内生细菌,多样性基金项目:陕西省重点实验室项目(No.08JZ21);陕西省教育厅项目(No.08J
4、K248,08JK244)通讯作者:圜:Dengbw2008@yahoo.corn.cn收稿日期:2012-07—26;接受日期:20l2一l0—09张晶晶等:红豆杉免培养内生细菌多样性的初步研究767Culture--independentanalysisofendophyticbacterialdiversityinTaxuschinensisZHANGJing.JingLANA—FengDENGBai.Wan,CHENWen.QiangKONGYa.Nan(1.SchoolofBiologi
5、calSciencean(1Engineering,ShaanxiUniversityofTechnology,Hanzhong,Shaanxi723001,China)(2.ShaanxiEngineeringResearchCenterofEdibleandMedicatedFungi,Hanzhong,Shaanxi723001,China)Abstract:【Objective】Weinvestigatedthecompositionanddiversityofendophyticbact
6、erialinTaxuschinensis.【Methods】ThecompositionanddiversityofendophyticbacterialinTaxuschinensiswereanalyzedbyculture—independentmethod.Whentota1communityDNAwereextracted.apairofbacterialPCRprimerswereusedforendophyticbacterial16SrDNAgeneamplificationan
7、daclonelibrarywasconstructedfortheTaxuschinensisDNAsamples.Posi—tivecloneswereanalyzedbyPCRrestrictionfragmentlengthpolymorphism(PCR—RFLP)andthecloneswithuniquepatternswereselectedforsequencingandconstructing16SrRNAgenephylogenetictree.【ResultsJBasedo
8、nHaeIIIdigestionandsequencingresult,atotalof158positiveclonesthatrandomlyscreenedfromthelibrarywerefal1into26operationaltaxo—nomicunits(OTUs).Theseclonesquencesweredividedinto4phylawithphylogeneticanalysiswhichconsistedofAlpha,Beta,Gammaanddel
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