金丝猴属物种高海拔适应的全基因组分子机制.pdf

《金丝猴属物种高海拔适应的全基因组分子机制.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、分类号Ｑ３密级公开ＵＤＣ编号《？若乂聲巧女研《ｉ＃化给Ａ趣目金丝猴届物种富海拔适应的全基因级分子ｍ制ｎｏｍｅ－ｗＴｉｄｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆｉｔｌｅＧｅｈ－ｉｇｈａｌｔｉｔｕｄｅａｄａｐｔａｔｉｏｎｏｆ－ａ／ｓｓｎｕｂｎｏｓｅｄｍｏｎｋｅｖｓ口ｆｔ／ｉｅｌ？＊＞■：；Ｉ：：；（、）生命科学学院学院所中也专业名祿透传学研巧生姓名杨晶学号１２０１３０議３导师姓名于黎职称研究员导师姓名张亚平职称教授院±２０１６年

2、５月一？。．．，＇、■■－一－■．．、Ｖ、—、＇．．＇Ｖ；１巧巧、如批、，＂．．＇ｙＩｔ。ｉ＇＇／八’■‘．＇’＾乂＇－从巧论文独创性声明及使用授权本论文是作者在导师指导下取得的研究成果。除了文中特别加Ｗ标注和致谢，的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果不存在割窃或抄袭行为一。与作者同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。，现就论文的使用对云南大学授权如下：学校有权保留本论文（含电子版）也可Ｗ采用影印、缩印或

3、其他复制手段保存论文：学校有权公布论文的全部或部分内容，可Ｗ将论文用于查阅或借阅服务；学校有权向有关机构送交学位论文用于学术规范审查、社会监督或评奖：学校有权将学位论文的全部或部分内容录入有关数据库用于检索服务。（内部或保密的论文在解密后应遵循此规定）．．（＞巳研究生签名：積說导师签名：手乘日期：切ｌ＾摘要欠知’金丝猴属（ｗｏ／７ｚＹＡｅｃＭｓ）隶属于灵长目，猴科，巧猴亚科。该属在系统发育上处于其他旧大陆猴与猿之间的特殊分类地位，同时也是亚洲巧猴亚科中特化程度最高的一个类群。金丝猴属物种的研究

4、对于了解人类自身Ｗ及亚洲灵长类的分化和进化有着重要意义。金丝猴属包括５个新近形成（１．６９个百万年）的近缘物、。种：川金丝猴由于环境的变、矜金丝猴、濱金丝猴怒江金丝猴和越南金丝猴化和人类活动的影响，金丝猴物种只分布于中国南部（演金丝猴、川金丝猴、齡金丝猴和怒江金丝猴）和越南北部（越南金丝猴）极有限的区域且数量极少，目前都己被世界自然保护联盛繊危物种红色名录列为额危物种，是与大熊猫齐名的世界珍稀额危物种。除了重要的保护生物学意文，金丝猴属物种还是研究动物对极端环境适应性进化遗传机制很好的模型系统。金丝猴属物种在很

5、短的物种分化时间内，就占据０－２００了不同海拔高度的生境环境。与分布于越南北部低海拔００１米）亚热带雨林中（１５００－２２００）３的越南金丝猴和分布于中国贵州梵净山米的験金丝猴相比，其它种金丝猴，即漠金丝猴，、怒江金丝猴和川金丝猴均分布在中国六大山脉的高海＞２００拔地区０米。尤其是演金丝猴，目前仅存于我国漠藏交界的高寒森林中，生（）活的海拔高度都在４０００米左右３４００－４６００米是除人类外世界海拔分布最高的灵（），长类动物，前基于多个核基因片段的系统发育研究结果支持高海。有意思的是一拔的滨金丝猴和怒江金丝猴与低海

6、拔的越南金丝猴聚在起，高海拔的川金丝猴一一与低海拔的駭金丝猴聚在起。因此，金丝猴属物种提供了个极佳的研究模型，不仅可研究非人灵长类高海拔适应机制，还能研究不同高海拔地区之间存在的相似和相异的适应机制。本论文在课题组已经获得的濱金丝猴庇ｎｏｗ基因组数据（基因组大小２，７６５Ｘ，ｃｏｎｔｉＮ５０２０．５，ｓｃａｆｏｌ．２Ｍｂ）．９４Ｇｂ数据覆盖度．ｇ为閒ｄＮ５０为２的基，结合网上已经发表的川金丝猴成ｎｏｖｏ基因组数据（基因组大小２ｂ，础上．９０Ｇ数据覆盖度１４６义ｃｏｎｔｉｇＮ５０为２５．５Ｋｂ，ｓｅａ航ｌ

7、ｄＮ５０为１．５５Ｍｂ），通过对巧它３个金丝猴物种，即怒江金丝猴，矜金丝猴和越南金丝猴，进行基因组深度重测序（每个金丝猴物种的覆盖度＞３０Ｘ）。采用比较基因组学分析方法，研究金丝猴高海拔适应性进化遗传机制。首先，基于６９６４５个ＳＮＰｓ，Ｗ赫猴（Ｍｆｌｃａｃａｗｗ／ａ化７），％６，Ｉ＾。为外群，构建了金丝猴属所有物种的系统发育树使用填金丝猴作为参考基因组，使用不同的构树方法（ＭＬ方法／ＳＴＡＲ和ＡＳＴＲＡＬ物种树方法），都得到了相同的系统发育树。系统发育分析结果很高的置信度支持高海拔的演金丝猴与怒江金

8、…丝猴和低海拔的越南金丝猴聚为枝，高海拔的川金丝猴和低海拔的齡金丝猴聚一为另枝。因此１２个核基因，基于全基因组数据的系统发育分析结果与Ｗ前基于一致的系统发育