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1、药用植物丹参EST_SSR标记的鉴定—邓科君药学学报ActaPharmaceuticaSinica2009,44(10):1165?1172•1165•药用植物丹参EST-SSR标记的鉴定邓科君1?张勇1*,熊丙全2,彭金华1,张韬1,赵晓楠任正隆計(1.电子科技大学生命科学与技术学院，四川成都610054;2.成都农业科技职业学院农学园艺分院，四川成都611130)摘耍：对重耍大宗药用植物丹参尚没有高效特异分子标记开发应用研究，为有效利用丹参现有EST资源开发功能性分子标记，本文以生物信息学方法对Ge
2、nBank的dbEST数据库中公开的10288条丹参(Salviamiltiorrhiza)EST进行整理，共获得非冗余性EST4192条。从中搜索到159个SSR位点，出现频率为3.79%,平均相隔12.74kb出现1个SSR位点。在1bp〜6bp核背酸重复基序中，二核昔酸重复基序SSR出现频率最高(77个、48.43%),其次是三核昔酸(41个、25.79%),四核昔酸出现频率最低(6个,3.77%)。在检出的47类重复基序中，出现频率超过5%的6种重复基序依次为:GA/CT(16.35%)、AG/
3、TC(15.09%)>TCA/AGT(10.69%)>AT/TA(6.29%)、GAAAAG/CAAAAC(6・29%)、TA/AT(5.03%)o针对这些序列，设计开发了83对EST-SSR引物，对13个不同居群丹参样甜及10种鼠尾草属物种进行了扩增效率、多态性及通用性检测，发现其中72对引物在供试材料中可进行特异性扩增，共产生279个位点，平均每对引物产生3.88个位点，口所有引物均显示多态性扩增。可有效扩增引物在鼠尾10个异源物种屮的可转移率为60%〜100%,平均85%。依据扩增结果进行遗传相似
4、性分析，结果表明EST-SSR分析可揭示供试样品不同水平的遗传多样性，并可明确区分丹参及其他同属植物。上述工作为进行丹参及其同属物种的基因组差异性分析、遗传图谱构建及比较基因组等研究奠定了基础。关键词：丹参；表达序列标签；简单序列重复；分子标记；遗传多样性中图分类号:R931.5文献标识码:A文章编号：0513-4870(2009)10-1165-08Identification,characterizationandutilizationofsimplesequeneerepeatmarkersder
5、ivedfromSalviamiltiorrhizaexpressedsequeneetagsDENGKe-junlzZHANGYongl*zXIONGBing-quan2,PENGJin-hual,ZHANGTaol,ZHAOXiao-nanl,RENZheng-longl*(1.SchoolofLifeSciencesandTechnology,UniversityofElectronicScieneeandTechnologyofChina,Chendu610054,China;2.Departm
6、entofAgricultureandHorticulture,ChengduVocationalCollegeofAgriculturalScieneeandTechnology,Chengdu611130,China)Abstract:DespiteSalviamiltiorrhizabeingoneofthemostimportantmedicineplantsinChina,thereisalimitedavailabilityofgenomicresources,especiallyofthe
7、expressedsequeneetag-basedmarkers・Inthisstudy,weselectedandcharacterizedfunctionalmarkersinS.miltiorrhiza,whichconsistedof4192non・redundantexpressedsequeneetags(ESTs)from10288identifiedS・miltiorrhizaESTsindbESTdatabank・Amongthem,159simplesequencerepeats(
8、SSR)weredetected,whichamountedto3.79%ofthenon・redundantstartingsequeneepopulation.ThisincideneewasequivalenttooneEST-SSRinevery12.74kbofS.miltiorrhizaESTs・Amongthedifferentmotifsrangingfrom1bpto6bp,di・nucleotiderepeatmotif
