数字PCR与转基因检测

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1、微滴式数字PCR与转基因检测房孝良应用技术支持微滴式数字PCR与转基因检测转基因与转基因争论传统转基因检测的方法与局限性PCR方法-普通PCR及荧光定量PCR1.低丰度转基因成分不易检出2.PCR抑制物影响检测3.转基因标准物质难以制备微滴式数字PCR的优势真正意义上的绝对定量精确度、重复性更高检测灵敏度更高抑制剂耐受程度更高ddPCR绝对定量精准性ddPCR结果重复性NatureMethods,2013“液滴数字PCR将能帮助我们更加精确的追踪病人治疗期间不同时间段中的血清microRNA生物标志物浓度变化情况，这对于实时PCR来说，有时是不可能实

2、现的。”ddPCR检测灵敏度BRAFV600E突变检测ProbespecificassayschemeFMUTRWTHigh-ThroughputDropletDigitalPCRSystemforAbsoluteQuantitationofDNACopyNumber.AnalyticalChemistry.2012ddPCR抑制剂耐受性临床化学（ClinicalChemistry）2013年9月份在线刊登了由华盛顿大学医学检验系和弗雷德哈钦森肿瘤研究中心完成的一项实验，系统比较了QX100微滴式数字PCR和传统定量PCR对SDS、EDTA、Heparin(

3、肝素，血液抗凝剂)等常见PCR抑制物的耐受程度。通过计算和比较两种平台的抑制曲线和最大抑制浓度中值（IC50）表明，微滴式数字PCR对SDS、肝素的耐受度高于定量PCR系统（99.9%）。Fig.数字PCR在较大范围内对抑制物浓度增加不敏感右图纵坐标为抑制程度百分比，横坐标为肝素浓度对数。黑色为定量PCR抑制曲线，蓝色和橙色为ddPCR抑制曲线（蓝色为较低阈值线，橙色为较高阈值线）数字化痕量核酸检测系统的应用拷贝数变异分析转基因成分检测基因表达分析稀有突变检测DNA残留检测/CRMCs质控标定测序文库定量无创产前检查病原微生物检测微滴式数字PCR在转基因检测

4、中的应用CRMCs定量已知浓度的标准品（CertifiedReferenceMaterialsCalibrants,CRMCs）：质粒标准品（MolecularPlasmidCRM）基体标准品（PlantMatrixCRM）目前确定质粒标准品的方法还是传统的OD检测或荧光染色法：微滴式数字PCR技术绝对定量CRMCs液相色谱-同位素质谱联用法微滴式数字PCR技术检测GMO含量GMOpercentage(%)=transgene/referencegene×100%方法：采用ddPCR双重检测，引物/探针序列与qPCR相同hmg基因作为野生型玉米内参基因MO

5、N810引物探针用于特异性检测MON810转基因事件重复性和准确性高131128北办周长涛工作居住证办理材料-TomZhou.pdf-极速PDF阅读器ddPCR与cdPCR和qPCR的比较结果显示：ddPCR灵敏度优于cdPCR和qPCR，；此外与qPCR相比ddPCR对低丰度核酸样本的重复性更好；ddPCR用于GMO检测的通量和成本优于qPCR和cdPCR。ddPCR可作为GMO常规检测技术。131128北办周长涛工作居住证办理材料-TomZhou.pdf-极速PDF阅读器微滴式数字PCR技术分析转基因拷贝数1.Southernblot2.qPCR8765

6、fold432100.511.522.53DeltaC(q)2X情况下，Cq的理论差值为15vs6的情况下，Cq值的理论差值为~0.257vs8的情况下，Cq值的理论差值为~0.15微滴式数字PCR技术分析转基因拷贝数CNVAnalysisofTransgene&EndogenousGeneinWildTypesandTransgenicMice微滴式数字PCR与转基因植物的相关研究目的：通过研究转基因棉花根际微生物群落变化来评估转基因棉花的生态风险方法：采用ddPCR方法对土壤中总细菌16srRNA和氨氧化细菌的功能基因amoA基因进行定量分析结果：在棉花

7、生长的不同时期，总细菌数量没有显著差异；转基因棉花根际土壤中的氨氧化细菌变化相对较为平缓微滴式数字PCR与转基因植物的相关研究转基因棉花(SGK321)及其受体棉花(SY321)根际土壤中总细菌数量变化(A)氨氧化细菌数量变化(B)和氨氧化细菌与总细菌比值变化(C)染料法支持的双重检测CNV检测HighSensitivityDetectionandQuantitationofDNACopyNumberandSingleNucleotideVariantswithSingleColorDropletDigi.pdf-[ac403843j1..7]-极速PDF阅

8、读器SNV检测HighSensitivityDete