基于COⅡ基因的我国海域4个长蛸群体的遗传变异研究

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1、东海科学技术学院毕业论文（设计）题目：基于COⅡ基因的我国海域4个长蛸群体的遗传变异研究系：海洋科学系学生姓名：杨俊专业：生物科学班级：C08生科指导教师：吕振明起止日期：2012.02.10——2012.05.152012年5月18日浙江海洋学院东海科学技术学院本科毕业论文中文摘要摘要采用PCR扩增技术对中国4个不同海域（山东青岛、浙江温州、浙江舟山、福建东山）的长蛸群体的COII基因片段进行了扩增和测序，获得了长度为560bp长度的同源序列，分析了不同海域群体内和群体间的遗传变异。结果表明，89个个体共有

2、28个单倍型，其中青岛群体8个，舟山群体7个，温州群体6个，东山群体7个。通过序列比对，变异均匀地分布于序列各个区域，但密码子偏好不明显。总群体单倍型多样性指数（H）0.884±0.018，核苷酸多样性指数（Pi）0.10640±0.00656，平均核苷酸差异数（K）57.348，显示出一定的遗传多样性。采用MEGA3.1对4个海域的长蛸群体进行聚类分析，构建系统树，结果表明：青岛、舟山2个群体由于遗传距离较近首先聚为一支，而与东山群体遗传关系较远，与温州群体亲缘关系最远而最后聚类。Tajima’sD和Fu’

3、sFS检验显示温州群体可能经历过种群扩张，而其它3个群体可能未经历过历史扩张事件。我国海域长蛸的这种遗传结构的形成原因还有待于进一步证实。通过本次研究，从线粒体DNA水平分析我国不同海域长蛸群体的遗传变异情况，期望为开展我国长蛸群体的资源评价、物种保护及分子标记育种提供基础资料。关键词：长蛸；线粒体基因；COⅡ基因；遗传变异浙江海洋学院东海科学技术学院本科毕业论文AbstractAbstractFragmentsofCOIIgenewereamplifiedandsequenced.inOctopusvari

4、abilissamplesfrom4ourdifferentseaareasinChina(Qingdao,Wenzhou,Zhoushan,Fujian)A560bpalignedsequencewereobtainedandanalyzedtodetectgeneticvariationwithinandamongthegroups.Theresultsshowedthat89individualsproduceatotalof28haplotypes,witheightinQingdaogroup,se

5、veninZhoushangroup,sixinWenzhougroup,seveninDongshangroup.Bysequencealignment,thevariationisevenlydistributedinthevariousregionsofthesequence,butthecodonbiasisnotobvious.Thetotalpopulationhaplotypediversityindex(H)is0.884±0.018,nucleotidediversityindex(Pi)i

6、s0.10640±.00656,theaveragenumberofnucleotidedifferences(K)is57.348,showingacertaindegreeofgeneticdiversity.Aphylogenetictreeamongthe4OctopusvariabilisbyadoptingMEGA3.1softwareshowedthat:thegeneticdistanceamongQingdaoandZhoushangroupwasminimum.thegeneticdist

7、ancebetweenthosetwoandDongshanorWenzhougrouparemuchbig.Wenzhougroupsmayhaveexperiencedapopulationexpansion,whiletheotherthreegroupsmaynothaveexperiencedahistoricalexpansionevents.Thephylogenetictreereflectsthegeneticdifferencesbetweenthegeographicaldistribu

8、tionofthesegroups.Throughthisstudy,thelevelofmitochondrialDNAanalysisofgeneticvariationindifferentwatersOctopusvariabilisgroupsexpecttocarryoutthegroupofChina'sOctopusvariabilisresourceassessment,prote