沙门氏菌病原岛sRNA产生与降解的研究

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1、沙门氏菌病原岛sRNA产生与降解的研究StudyontheExpressionandDecayofSalmonellaPathogenicityIslandEncodedsRNAsByLvMiaoADissertationSubmittedtoNanjingUniversitySupervisedbyProf．YonghuaYang&Prof．FenyongLiuNanjing．P．R．China2010．1南京大学博士学位论文：沙门氏菌病原岛sRNA产生与降解的研究5’．UTRCO．IPIGRMOpSOMPPAPIPN

2、PaseRBSSPIsRNAT3SS缩略词lIIIllIIIIIIIIIllUIMMIIIllllIY23720695’untranslatedregion5’非翻译区CO—immunoprecipitation免疫共沉淀Intergincregion基因间区域3一(N—morpholino)propanesulfonicacidOutermembraneprotein外膜蛋白poly(A)polymeraseI多聚腺苷酸聚合酶Ipolynucleotidephosphorylase多聚核苷酸磷酸化酶ribosomebi

3、ndingsite核糖体结合位点Salmonellapathogenicityisland沙门氏菌病原岛smallnon—codingRNA非编码小RNAtypethreesecretionsystem三类分泌系统南京大学博士学位论文：沙门氏菌病原岛sRNA产生与降解的研究缪律目录摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。4Abstract⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．．．．⋯⋯⋯⋯⋯．．．．．⋯⋯⋯．．．．⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯．⋯．⋯⋯⋯⋯．．．⋯⋯⋯⋯⋯．．．⋯⋯⋯

4、．．．7第一章文献综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯101．细菌sRNA简介⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯101．1细菌sRNA的概念⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯101．2细菌sRNA与真核生物ncRNA的区别和联系⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．111．3细菌sRNA的类型⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯111．4细菌sRNA的作用机制⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯122．沙门氏菌sRNA研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

5、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯142．1Hfq突变菌株的表型揭示了sRNA是沙门氏菌中重要的调控因子⋯⋯⋯⋯⋯152．2很多在沙门氏菌中表达的sRNA都起源于嵌合体⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．162．3沙门氏菌OMP的生物合成受到sRNA网络的调控⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯182．4ABC转运蛋白基因表达受sRNAGcvB的调控⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯202．5小RNA能消减全局调控因子CsrA的作用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。222．6核酸开关能感应代谢产物和镁离子浓度⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯232．7温度感

6、应与RNA⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．242．8沙门氏菌非编码RNA研究展望⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯253．sRNA表达与降解的研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。273．1内切核酸酶与sRNA降解⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．273．2外切核酸酶与sRNA降解⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．284．本论文研究的目的与意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯29第二章不同体外培养条件下沙门氏菌sRNA表达研究⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

7、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯30l实验材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．321．1沙门氏菌菌株与培养条件⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．321．2主要仪器设备⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．331．3试剂⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯331．4试验方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一332实验结果与分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．362．1体外不同培养条件下Is

8、rJ表达的分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．362．2体外不同培养条件下另外五个sRNA基因的表达情况⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．38第三章核酸酶以及rtfq在IsrJ降解中所起作用的研究⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯43l实验材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．431．1试剂⋯⋯⋯⋯