大肠杆菌sRNA的研究进展.doc

《大肠杆菌sRNA的研究进展.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、大肠杆菌sR?3的研究进展作者：王晨红李春更李洪涛【关键词】大肠杆菌；眄采翻译;研究方法sRW即smal1R1W或非编码RN0(noncodingRTQXs)是一类长度在几十至几百个核昔酸之间，执行多种功能的非编码时［1］。sim分子最初是在细菌体内发现的，现已知广泛存在于从原核生物的细菌到高等的哺乳动物等多种不同的生物体内，主要对基因表达起调控作用。本文主要以原核生物大肠杆菌为例，就其sRM的发现、功能、可能的作用机制及探求新SIW勺方法和Hbq蛋口在sRN瞅行功能吋的作用作一综述。1sR2的发现1967年，通过对大肠杆菌休内所有的恥进行标记，在聚丙烯酰胺凝胶上探测

2、到一种数量较多的新分子，从而使大肠杆菌的第一个sim⑵被发现，随后乂相继发现了11个srm其中RprAMicEDicE和DsrA是作为基因片段被发现的；GcvE和OxyS是探查基因时偶然发现的，而Spot42,10Sa(tnRN^l和10Sb等是通过磷酸化标记所有的RNA后被发现的现在被称为Ml,是RT3酶P的元件）B刀。但是他们的生理功能直到30年后才被阐明。原核生物的sR朋长度一般在54250nt之间，长于真核生物中成熟的mi眄它们在细胞中通常不被翻译，而是作为重要的调控因子参与原核生物基因的转录和翻译调控及其KNA的稳定、成熟和加工等多个过程。2识别sRNA的

3、方法市于sR2通过实验性探查或传统序列分析的方法很难检测到，因此尽管我们已知这些恥分子对生物体的生理功能具有重要作用，但实际上许多的sRM分子都是在研究个别基因系统时被偶然发现的冈。近年来随着systematiccaiputational,microarraycloningbased新技术的应用，新的sRM分子不断被发现，至今在大肠杆菌体内已发现了超过百余种的sRNA分子吻。2.1systematicconputational法人肠杆菌完整基因序列的获得，使得通过系统搜寻在其基因序列中寻找SIW勺编码基因成为可能CLCDoft］于SR0不翻译且仅依据二级结构就将非编码

4、的母％分子从随机序列中分离出来不够精确，因此采用ccnputational法识别sRNAH寸要参考一些已知的sRN違因序列特征。通过对已知sRNA分子编码基因序列分析发现，sRNA分子的基因位点主要存在于称为“empty的基因间区，此位点没有其他的注释基因。此外sRNA分子的基因序列与有亲缘关系的其他菌属间具有高度的保守性。通过这些特征可以将在终止子上游的短序列中寻找启动子序列作为重点［11］。在“呵琢基因问区，通过Colibridatabase限定注释基因。在基因间区寻找大肠杆菌广泛使用的转录起始和转录终止信号，且这些信号也被已知的sRNA采用的o然后将重点放在能被

5、大肠杆菌主要时聚合酶的。亚基识别的启动子序列丄，在这些序列上选择启动子和终止子间54400个碱基对的序列，选用口其他菌属细菌基因序列高度保守的序列作为预测的被选序列。通过这种方法在大肠杆菌中产生了24个假设的sRM的基因，其中两个通过运算被证明是编码sRNA的基因，即rprA和gcvB2.2microarray法通过序列探查识别sRNA仍存在困难，因此根据sRNA在有亲缘关系的菌属中高度保守的特性及对转录本的大量分析，采用高密度的寡核昔酸探针微阵来探求位于人肠杆菌基因间区的sRM的基因。通过这种方法在大肠杆菌休内证明了23个新的曲分子的存在并通过Northern分析所

6、证实。在这23个基因中有6个推测可能为短的开放读码框，而17个可能是新的功能性的sRN分子C12］。2.3RNdmic(shotgunclonin劝法虽然sRNA包含了大肠杆菌转录本的最重要的部分，但毕竞不是IWJ全部。因为通过试验探查RNA吋其实验环境已被限定，而且它稳定的二级结构可能在寡核昔酸微阵探查时已遭到破坏或发生了改变。此外，虽然大多数通过探查得到的sRM分子是由独立的基因编码的，但是一些sR皿也可通过长的转录本的加工而产生，如大肠杆菌的6sim[13]o与依赖于预测的方法不同，时的cENV克隆主要识别那些在给定条件下由一定基因组表达的数目为54500个核

7、晋酸的曲分子，而与其是否为独立编码或是否由加工产生无关。这个方法已成功地用于在一些真核生物和古细菌屮寻找新的sR巴此方法包括cLm文库的构建、生物信息学分析、RNA分离、Northern探查、网半衰期的测定及5和3末端的快速扩增。3slWj功能和作用机制3.1与蛋口构成复合体发挥功能如4.5sRNA与蛋口质构成复合体共同形成信号识别颗粒，参与蛋白质合成后的靶向运输。3.2模拟其他核昔酸结构发挥功能如6sRNA大肠杆菌的RN4聚合酚是一个多亚基酚，其中的§亚基是识别启动子序列和转录起始所必需的，6SEW吉构与6亚基识别的启动子相类似，所以6sRM可以模