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《4种不同土壤微生物dna提取方法对dgge分析微生物群落的影响》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、福建农业学报27(4):367~372,2012文章编号:1008-0384(2012)04-367-06FujianJournalofAgriculturalSciences吕新,陈丽华,李玥仁.4种不同土壤微生物DNA提取方法对DGGE分析微生物群落的影响[J].福建农业学报,2012,27(4):367-372.LX,CHENL-H,LIY-R.EffectofDNAExtractiononDGGEAnalysisofMicrobialCommunityinSoil[J].FujianJournalofAgriculturalSciences,201
2、2,27(4):367-372.4种不同土壤微生物DNA提取方法对DGGE分析微生物群落的影响吕新1,2,陈丽华1,2,李玥仁1,2(1.福建省农业科学院中心实验室,福建福州350003;2.精密仪器农业测试重点公共实验室,福建福州350003)摘要:分别应用高盐法、玻璃珠破碎法、冻融法和试剂盒法4种不同土壤微生物DNA提取方法提取水稻稻田土壤微生物DNA,并通过细菌16SrRNAV3区通用引物GC338f-530R和真菌18SrRNA特异性引物NS1-GCFung进行PCR扩增结合变性梯度凝胶电泳(CGGE)分析,对4种DNA提取方法进行评价。结果表明,玻
3、璃珠破碎法和试剂盒法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求;其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA产量较低且成本昂贵;玻璃珠破碎法用时较长,步骤繁琐,DNA产量较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉。关键词:土壤微生物;DNA提取;变性梯度凝胶电泳中图分类号:S154.36文献标识码:AEffectofDNAExtractiononDGGEAnalysisofMicrobialCommunityinSoil1,2,CHENLi-hua1,2,LIYue-ren1,2LXin(1.CentralLab
4、oratory,FujianAcademyofAgriculturalScience,Fuzhou,Fujian350003,China;2.KeyPublicPrecisionTestingLaboratoryforAgriculturalApplications,Fuzhou,Fujian350003,China)Abstract:TheZhou,Martin,BourrainandKitmethodswereusedtoextractmicrobialDNAinpaddysoil.Theywereevaluatedbasedontheamplifica
5、tionofbacterial16SrRNAV3variableregionamplifiedbytheprimerpairGC338f-530Randthefungal18SrRNAregionamplifiedbytheprimerpairNS1-GCFungandthesubsequentDGGEanalysisofamplifiedproducts.TheresultsshowedthattheMartinandtheKitmethodssatisfiedtheanalyticalrequirementsofsoilmicrobialdiversit
6、y.TheKitmethodwassimplerandfaster,andthequalityofitsextractedDNAhigher,buttheyieldandpurityofDNAextractedwerelowerandthecostgreaterthantheMartinmethod.However,thedeficienciesdidnotappeartoimposesignificantnegativeeffectonthePCRamplificationandDGGEanalysisthatfollowed.Keywords:soilm
7、icroorganisms;DNAextraction;DGGE[2]由于土壤环境中只有极少部分(0.1%~1%)究。由于土壤环境中样品含有非常复杂的成[3]微生物能够被分离培养和纯化,通过传统的微生物分,微生物种类繁多尤其是在DNA提取过程中培养分离方法很难获得土壤环境中微生物群落多样蛋白质、腐殖酸类物质的残留,可能严重抑制[1]性的真实情况。20世纪80年代以来,随着现代PCR中的TaqDNA聚合酶的活性、干扰限制性内微生物分子生态学研究方法如PCR-DGGE、RFLP切酶酶切反应等后续实验操作。因此,国内外研究的成熟完善,使得研究者可以避开传统分离培养
8、方者对土壤微生物DNA提取和纯化进行了大量研法,直接
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