土壤中微生物DNA高效提取方法的筛选-论文.pdf

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1、第53卷第1期湖北农业科学Vo1．53No．12014年1月HubeiAgriculturalSciencesJan．，2014土壤中微生物DNA高效提取方法的筛选周伟．黄进勇2李新伟(1．漯河医学高等专科学校，河南漯河462002；2．郑州大学生物工程系，郑州450001)摘要：设计了3种从土壤中直接提取微生物DNA的方法．并通过PCR扩增和DGGE电泳比较了不同方法所提取DNA的质量以及对后期分子生物学研究的适用性结果表明．化学法和酶法相结合的提取方法所获得的DNA完整性最好，适用于PCR扩增，并且通过DGGE电泳分离出最丰富的条带，是一种高效的

2、提取土壤微生物DNA的方法关键词：土壤微生物：DNA提取；PCR：DGGE中图分类号：Q939．96；Q523文献标识码：A文章编号：0439—8114(2014)Ol一0216—04ScreeningtheExtractingMethodofTotalMicrobialDNAfromSoilZHOUWeP,HUANGJin-yongz，LIXin-weP(1．LuoheMedicalCollegeofHigherEducation，Luohe462002，Henan，China2．BioengineeringDepartment，Zhengzhou

3、University，Zhenzhou450001，China)Abstract：ThreemethodsweredesignedtoextractmicrobialDNAdirecdyfromthesoil，andthedifferentextractionmethodswereevaluatedcomprehensivelyfortheDNAqualityandapplicabilityofthemolecularbiologybyPCRandDGGE．There-sultssuggestedthatthecombinationofenzymat

4、icandchemicalmethodscouldobtainthehighestDNAyieldandintegrity，whichwassuitableforPCR，andthemostabundantbandscouldbeobtainedbyDGGE．Thisdevelopmentofthehighlyef-fectiveDNAextractionmethodprovidedafoundationforstudyinginmolecularecologyofsoilmicrobes．Keywords：soilmicrobe；DNAextrac

5、tion；PCR；DGGE微生物在土壤生态系统物质循环和能量转化水平上研究土壤微生物提供参考。过程中起重要作用．目前通过纯培养技术只能获得1材料与方法土壤中仅极少数的微生物种类．不能充分体现微生物群落的真实组成⋯而基于DNA分析的分子生物1．1土壤样品学技术的引入．降低了对培养技术的依赖性．可以2011年在河南省漯河市孟庙镇进行取样。供试直接对土壤中微生物进行研究由于土壤中含有土壤取自常年以冬小麦一春玉米茬E1种植的农田．大量理化性质复杂的物质．而且微生物与土壤颗粒秸秆全部还田．采用五点取样法取土样，取样深度吸附紧密．不易从中提取DNA：同时土壤中微

6、量为0～20cm．混匀后于一2O℃保存。的腐殖酸和重金属可能抑制分子生物学操作过程1_2试剂与仪器中酶的活性、降低转化效率以及DNA的杂交特异溶菌酶、蛋白酶K购自Sigma公司，所用maker性[3．]等因此．从土壤样品中高效地获得高质量的(入一HindmdigestedMarke，DNAMarkerDL2000)、DNA是后期土壤微生物分子生物学研究的前提凝胶回收试剂盒、PCRKit购自TaKaRa公司。土壤中微生物DNA提取的关键在于细胞的裂TGRADIENT温度梯度PCR仪为德国Biometra公解．本研究通过对不同的裂解手段进行组合．设计司生

7、产．全自动数码凝胶成像与分析系统由天能科了3种从土壤中直接提取微生物总基因组DNA的技(上海)有限公司生产。方法并对后期扩增效果进行比较分析．以期建立一1．3方法种高效、简便的土壤微生物DNA提取方法，为分子对提取土壤微生物DNA方法中不同的细胞裂收稿日期：2013—05—10作者简介：周伟(1981一)，男，河南南阳人，讲师，主要从事遗传学方面的研究，(电话)13938025634(电子信箱)luohezhouwei@126-c0m。第1期周伟等：土壤中微生物DNA高效提取方法的筛选217解方式进行组合．设计3种土壤基因组DNA的提子生物学试验取方

8、法。1．5．1PCR扩增及电泳本试验所用16SrDNA引方法a：酶法与化学法相结合[。5g土壤中加入物为BR